In English

DD2399 Omikdata och systembiologi 7,5 hp

Omic Data and Systems Biology

OBS!

Informationen nedan baseras på en kursplan som är ersatt av en senare utgåva.

Advanced course in computer science focusing on the analysis of high troughput omics data (i.e., genomic, transcriptomic, and proteomic data).

  • Utbildningsnivå

    Avancerad nivå

  • Kursnivå (A-D)

    D

  • Huvudområde

    Datalogi och datateknik

  • Betygsskala

    A, B, C, D, E, FX, F

Kurstillfällen/kursomgångar

VT13 TSYBM för programstuderande

VT14 omsys14 för programstuderande

  • Perioder

    VT14 P3 (7,5 hp)

  • Anmälningskod

    60090

  • Kursen startar

    2014 vecka: 4

  • Kursen slutar

    2014 vecka: 12

  • Undervisningsspråk

    Engelska

  • Campus

    KTH Campus

  • Antal föreläsningar

    20 (preliminärt)

  • Antal övningar

  • Undervisningstid

    Dagtid

  • Undervisningsform

    Normal

  • Antal platser

    Ingen begränsning

  • Målgrupp

    Sökbar för studenter på civilingenjörsprogram som har uppnått minst 90 hp varav minst 50 hp från årskurs 1.
    Sökbar för studenter på masterprogram.

  • Del av program

Lärandemål

The students should after the course

  • be able to discuss modern high-throughput methods with biologists,
  • know current public databases well enough to be able to evaluate the feasibility of a project,
  • be able to use popular tools for analysis of omics data as wells as explain and discuss the relative benefits of these,
  • be able to give intuitive descriptions of algorithms and methods for analysis of omics data as well as, using the course literature, immediately implement those.

Kursens huvudsakliga innehåll

Algorithms for problems such as alignment, phylogeny, sorting by reversals. An introduction to Hidden Markov Models.

Behörighet

Rekommenderade förkunskaper

Bioinformatik motsvarande DD2397/DD2404 Tillämpad bioinformatik. Datalogi motsvarande DD1339/DD1340/DD1341 Introduktion till datalogi eller DD1320/DD1321 Tillämpad datalogi.
Sannolikhetslära motsvarande SF1901 Sannolikhetsteori och statistik.

Litteratur

To be announced at the web page for the course at least 2 weeks before the course starts.

Examination

  • LAB1 - Laborationer, 7,5 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Krav för slutbetyg

Three laborations.

Ges av

CSC/Datalogi

Kontaktperson

Lars Arvestad, e-post: arve@kth.se

Examinator

Lars Arvestad <arve@kth.se>

Påbyggnad

Please discuss with the instructor.

Versionsinformation

Kursplan giltig från och med VT09.
Examinationsinformation giltig från och med VT09.