Molecular and Spatial Profiling of Prostate Tumors

Tid: Fr 2020-06-05 kl 10.00

Plats: https://kth-se.zoom.us/s/68861340458, (English)

Ämnesområde: Bioteknologi

Respondent: Emelie Berglund , Genteknologi, Genteknologi

Opponent: Assoc. Prof. Päivi Östling, Karolinska Institutet

Handledare: Professor Joakim Lundeberg, Genteknologi, Science for Life Laboratory, SciLifeLab, Genteknologi

Abstract

Varje cancertumör är unik med egenskaper som förändras över tid. Utvecklingen av en fullständig malignitet från en enda cell som ger upphov till en heterogen population av cancerceller är en komplex process. Att få tillgång till spatial information är viktigt för att förstå utvecklingen av tumörer och hur patienter svarar på behandling. För närvarande har forskare världen över tagit ett steg längre för att förstå gener och heterogenitet genom att titta på alla komponenter inom en vävnad för att belysa interaktion mellan celler. Under de senaste åren har tekniska framsteg ökat upplösningen vid vilken heterogenitet kan observeras. Spatial transcriptomics (ST) är en in situ-teknik, som använder sig av en array av glas. Den innehåller oligonukleotider för att fånga mRNA, samtidigt som den spatiella informationen om histologin bibehålls. Kombinationen av histologi och Illumina-sekvensering gör att man kan visualisera hela transkriptomet inom ett vävnadssnitt. I den första studien utvecklades en AI-metod för att skapa en datoriserad vävnads anatomi. Den rika informationskällan gör det möjligt för AI-metoden att identifiera genetiska mönster som inte kan ses med blotta ögat. Denna studie gav också insikter om genuttryck i miljön omkring tumören; tumörens mikromiljö, som interagerar med tumörceller för att cancern ska växa och sprida sig till andra organ. I papper II undersöker vi hur patienter svarar på behandlingen. Det är välkänt att praktiskt taget alla patienter med avancerad prostatacancer som behandlas med GnRH-agonist kommer över tid att få återfall. Denna studie visar; genom att karakterisera de icke-svarande celler så kan det vara möjligt att hitta ett alternativt sätt att behandla tidigt och därmed minska risken för återfall. I papper III vill vi förbättra de tidigare tidskrävande delarna i ST protokollet som krävs för att förbereda proverna för sekvensering. Denna studie introducerar ett automatiserat protokoll för på den så kallade “Agilent Bravo Automated Liquid Handling Platform” och möjliggör snabb och robust preparering av ST- bibliotek. Papper IV bygger vidare på det första arbetet och illustrerar ST- teknikens användbarhet genom att för första gången konstruera en atlas av ett tvärsnitt från ett helt organ (prostata).

urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-273575