Atlas över den mänskliga cellen
NYHET
Efter den framgångsrika kartläggningen av det mänskliga genomet i form av The Human Protein Atlas tar forskarna nästa steg. Detta i form av en atlas över den mänskliga cellen. "The Cell Atlas" är en interaktiv databas, tillgänglig för alla och med högupplösta bilder, som visar var i den mänskliga cellen proteiner finns. Kunskap om proteiners lokalisation förväntas leda till ökad förståelse om vår hälsa och sjukdomar.
Emma Lundberg, docent vid KTH samt verksam vid Science for Life Laboratory, är ansvarig för Cell Atlas-projektet som är ett initiativ inom ramen för The Human Protein Atlas.
– För att kunna förstå hur den mänskliga cellen fungerar ur ett helhetsperspektiv behöver man veta i vilka delar av cellen olika proteiner befinner sig i tid och rum, säger Emma Lundberg.
Mathias Uhlén, professor vid KTH och ansvarig för Human Protein Atlas-projektet, utvecklar det hela.
– Efter att genomprojekten har karaktäriserat de proteinkodande generna är nästa steg att klarlägga funktionen hos dessa proteiner. Vårt arbete med att visa var i cellen proteinerna befinner sig vid olika tidpunkter är ett viktigt första steg för att förstå mer om proteiners funktion. Proteiner är livets byggstenar och genom att förstå deras funktion kan vi även förstå vad som gör oss sjuka, och friska.
I denna nya cell-atlas finns högupplösta bilder av celler som färgats med så kallade immunofluorescenta tekniker. Över 12 000 av de mänskliga proteinerna har kartlagts till 30 olika strukturer i cellen, så kallade organeller, vilket ger mycket detaljerad inblick i proteiners möjliga funktionella roll i cellen.
I ett unikt samarbete har forskarna i cell-atlasen dessutom tagit hjälp av online-spelare för att analysera alla bilder som tagits. CCP games, Massively Multiplayer Online Science (MMOS), Reykjavik universitet och Cell Atlas-teamet har tillsammans utvecklat ett minispel vid namn Project Discovery som är en del av science fiction-spelet Eve Online.
– När som helst i spelet kan man spela Project Discovery som går ut på att analysera våra bilder och kategorisera mönster av proteinfärgningar till olika strukturer i cellen. Det har varit en stor hjälp för oss, berättar Emma Lundberg.
När bilderna analyserats ser forskarna en komplex cellulär arkitektur, där över hälften av de undersökta proteinerna finns i flera olika delar av cellen. Detta arbete som nu är tillgängligt för såväl allmänhet som andra forskare kommer ligga till grund för fortsatt utforskning av den mänskliga cellen.
The Human Protein Atlas har finansierats av Knut och Alice Wallenbergs stiftelse och är inrättat för att möjliggöra en systematisk utforskning av det mänskliga proteomet genom att använda antikroppsbaserad proteomik.
The Human Protein Atlas är ett samarbete mellan forskargrupper på Albanova och Science for Life Laboratory, KTH, Rudbecklaboratoriet och Uppsala universitet.
För mer information om The Human Protein Atlas, besök denna webbplats .
Text: Frida Henningson Johnson
För mer information, kontakta Tove Alm (kommunikationsansvarig) på 070 - 747 02 07 eller tove.alm@scilifelab.se.