Ny metod för att studera samtliga aktiva växtgener
NYHET
KTH-forskare har under flera år studerat olika träds gener. Nyligen analyserade de arvsmassan i svensk gran från Jämtland, ett forskningsarbete som sedan publicerades i Nature. Nu har forskarna med professor Joakim Lundeberg i spetsen tagit arbetet till nästa nivå: Att kunna presentera exakt de gener som är aktiva i olika delar av en växt.
Vilka gener är det som används under pollenutvecklingen? Vilka gener är det som påverkar att löven på ett träd skiftar färg om hösten?
Det har forskare vid KTH nu fått svar på.
Eller rättare sagt: De har tagit reda på hur man tar reda på det. Det genom en ny metod för att studera samtliga aktiva växtgener.
Joakim Lundeberg, professor i molekylärbiologi på KTH, berättar att om man vet vilka gener som gör vad hos en växt ger det förbättrade möjligheter skogsvård. Allt från att skydda växterna från parasiter till växtförädling där förädlade växter kan korsas fram.
– Ett exempel inom gransläktet är Acrocona som du kan köpa på Plantagen eller liknande butikskedja. Detta är en gran som blommar redan efter två-tre år jämfört med en vanlig gran som blommar efter 20-30 år. Kan man lära sig vilka gener som styr blomningen innebär det att det blir lättare att ta fram nya, förbättrade granar. Som kan bättre virke och stå emot skadedjur. Vill man korsa två granar med traditionella metoder tar det nämligen väldigt lång tid att nå resultat.
Joakim Lundeberg har främst forskat runt granar, backtrav och poppel, men forskningen rör alla typer av växter. Som de fyra sädesslagen, olika lavar, hampa eller varför inte alger. Eller någon av de andra hundratusentals växtarter som finns på vår jord.
Det forskarna gjort är att under flera år medverkat i att karakteriserat och presenterar information om geninformationen i träd, bland annat analyserat arvsmassan i redan omskrivna gran. Sedan har denna kunskap tagits till en ny funktionell nivå och forskarna kan presentera vilka gener som är aktiva i olika delar av en växt.
– Vi presenterar den första tillgängliga metoden att kunna studera samtliga aktiva gener och kartlägga i vilka delar av en växt dessa är aktiva. Detta är en kombination av mikroskopi och genetisk kartläggning där vi visar att metoden kan användas för ett antal olika växter.
Forskarnas kombinerade tillvägagångssätt med högupplösta bilder av tvärsnitt av dessa växter och funktionell profilering genom mRNA-profilering (RNA-sekvensering) erbjuder en kraftfull ny strategi som kan tillämpas på ett brett spektrum av växtarter. Detta tillvägagångssätt kommer att vara avgörande för att svara på grundläggande frågor inom växters utvecklings- och evolutionärbiologi.
Forskningsresultatet har precis blivit publicerat i den vetenskapliga tidskriften Nature Plant .
Text: Peter Ardell
For mer information, kontakta Joakim Lundeberg på 08 - 52 48 14 69 eller joakiml@biotech.kth.