Storsatsning på världens bästa DNA-teknik
Genom ett anslag från Alice och Knut Wallenbergs Stiftelse får svenska forskare nu tillgång till världens kraftfullaste verktyg för avkodning av DNA. Den nya teknologin gör det möjligt att sekvensbestämma bakteriers och virus hela arvsmassa i en enda analys.
Anslaget är gemensamt för institutionen för genteknologi vid Skolan för bioteknik på KTH och institutionen för genetik och patologi vid Uppsala universitet. Där kommer forskarna snart att kunna studera även mer komplexa organismers arvsmassa i sin helhet med den nya teknologin, s. k. metagenomisk sekvensanalys.
– Intresset för teknologin från övriga svenska forskningssäten har varit enormt och ett stort antal samarbeten har redan påbörjats, vilket är otroligt kul. Detta är en fantastisk resurs för hela Sverige, säger Joakim Lundeberg, professor vid institutionen för genteknologi, och ansvarig för centrats verksamhet vid KTH.
Ett första instrument har redan installerats vid institutionen för genteknologi vid Skolan för bioteknik på KTH. Det kan generera DNA-data motsvarande 20 miljoner baser på i runda tal fem timmar, något som skulle ta månader eller år med motsvarande tidigare tekniker. I ett första experiment har man lyckats bestämma arvsmassan till en tidigare okaraktäriserad bakterie som ofta påträffats hos sjuka svenska älgar.
Instrumentet är en Genome Sequencer 20, från 454 Life Sciences och Roche Diagnostics, och är det första exemplaret i Sverige. Teknologin i maskinen är baserad på KTH-professorn Pål Nyréns tidigare innovation Pyrosekvensering.
Magnus Myrén