Världsrekord i DNA-analys
Fram till idag har forskare varit begränsade till att köra ett fåtal DNA-prov i taget till en kostnad om 100 000 kronor per tillfälle. Nu har KTH-forskare kommit på en ny metod som innebär att 5 000 prov kan köras samtidigt till samma pris. Det kapar kostnaden per provsvar avsevärt och innebär världsrekord i antalet prover körda i en enda DNA-sekvensanalys.
– Vi var tvungna att uppfinna en metod för att köra många DNA-prover samtidigt. Annars hade analysen tagit otroligt lång tid och kostat enorma summor pengar, säger Peter Savolainen, forskare i biologi vid KTH.
Det är han, forskarkollegan Afshin Ahmadian och den tidigare doktoranden Mårten Neiman som tillsammans uppfunnit den nya metoden som både innebär att DNA-sekvensanalyser kan genomföras i rekordfart och till en snudd på osannolikt låg kostnad.
– Idag kör det stora flertalet cirka 10 prov samtidigt. Det ger en kostnad om 10 000 kronor per prov. Vi har kört 5 000 prov samtidigt för samma summa, det vill säga 100 000 kronor. Det innebär en faktiskt kostnad om 20 kronor provet, säger Peter Savolainen.
Han pekar ut flera områden där hans och hans kollegors nya metod kan få stor betydelse. Ett av dessa är inom cancerforskningen där behovet är stort av att scanna en massa cellprover från många individer. Detta för att se vilka celler och gener som är involverade i cancern.
– Ett annat område där vår metod kan få stor betydelse är vid organtransplantation. Det krävs många DNA-analyser för att skapa en databas för matchning av organdonatorer med mottagaren av transplantatet. Det här kommer att få stor betydelse för DNA-forskningen, säger Peter Savolainen.
Han tillägger att det redan nu, innan metoden är officiell, finns flera projekt på Science for Life Laboratory (där KTH ingår) som står i kö för att använda detta sätt att jobba. Dessutom finns det möjlighet att skala upp metoden så att ännu fler prov kan köras samtidigt.
Metoden i sig är rätt fiffig.
– Enkelt förklarat så märker vi varje prov på ett finurligt sätt med ett id, så att varje provresultat kan sorteras ut, säger Peter Savolainen.
Afshin Ahmadian och Peter Savolainen är KTH-forskare verksamma vid Science for Life Laboratory.
För mer information, kontakta Afshin Ahmadian på 08 – 524 81 450 / afshin.ahmadian@scilifelab.se eller Peter Savolainen på 08 - 55 378 335 / savo@kth.se.
Läs mer i en artikel på PLoS ONE:s webbplats
Peter Larsson