DD3009 Beräkningsaspekter på fylogeni 6,0 hp

Computational Topics in Phylogeny Inference

  • Utbildningsnivå

    Forskarnivå
  • Huvudområde

  • Betygsskala

    P, F

Det finns inget planerat kurstillfälle.

Lärandemål

Det övergripande målet är att ge grundläggande kunskaper i modellering av evolition.

Efter Fullföljd kurs ska du:

- känna till viktiga evolutionära modeller för substitutioner, duplkationer/förluster, intensitetsförändringar, mm.

- tilläpma dessa modeller på verkliga data med populära verktyg

- förstå interferensmetoder som används till fylogenetiska problem

- Kunna anpassa kända modeller till nya problem

Kursens huvudsakliga innehåll

Substitutionsmodeller och deras konstruktion.

Modeller för variation i evolutionär hastighet.

Trädrekonsiliering och modeller för duplikation och förlust av gener.

inferensmetoder som ML och MCMC

Inferensverktyg som exv MrBayes och RevBayes.

Behörighet

Litteratur

Artiklar

Examination

  • EXA1 - Examination, 6,0, betygsskala: P, F

Ges av

EECS/Beräkningsvetenskap och beräkningsteknik

Kontaktperson

Lars Arvestad

Examinator

Versionsinformation

Kursplan gäller från och med HT2013.
Examinationsinformation gäller från och med VT2019.