DD3450 Algoritmisk Bioinformatik 6,0 hp

Algorithmic Bioinformatics

OBS!

Detta är en nedlagd kurs.

  • Utbildningsnivå

    Forskarnivå
  • Huvudområde

  • Betygsskala

    P, F

Sista planerade examination: VT22.

Det finns inget planerat kurstillfälle.

Lärandemål

Studenten ska efter genomgången kurs kunna

•           redogöra med egna ord för viktiga beräkningsproblem inom bioinformatik: parvisa sekvensjämförelser, multilinjering, sammansättning av arvsmassa, fylogeni, dolda Markovmodeller;

•           implementera de algoritmer som beskrivs i kursen och hur de relaterar till varandra;

•           undervisa om de algoritmer som beskrivs i kursen;

•           identifiera och formalisera beräkningsproblem i biologi;

•           tillämpa de grundläggande algoritmdesignmetoderna som dynamisk programmering inom bioinformatik;

•           redogöra för modelleringsprinciperna parsimoni, och bayesiansk modellering;

Kursens huvudsakliga innehåll

Algoritmer för problem som alignment, fylogeni, sortering genom vändning, en introduktion till dolda Markovkedjor.

Behörighet

Rekommenderade förkunskaper

DD2352 Algoritmer och komplexitet, eller motsvarande

Litteratur

Artiklar, om inte annat meddelats innan kursstart.

Examination

  • EXA1 - Examination, 6,0, betygsskala: P, F

Krav för slutbetyg

Projekt och hemuppgifter. Presentation av forskningsresultat.

Ges av

EECS/Beräkningsvetenskap och beräkningsteknik

Examinator

Versionsinformation

Kursplan gäller från och med VT2016.
Examinationsinformation gäller från och med VT2019.