Hoppa till huvudinnehållet

BB2490 Analys av data från storskaliga molekylärbiologiska experiment 7,5 hp

Kursomgångar saknas för aktuella eller kommande terminer.
Rubriker med innehåll från kursplan BB2490 (VT 2016–) är markerade med en asterisk ( )

Innehåll och lärandemål

Kursinnehåll

Kursen innehåller den grundläggande teorin för, samt användningen av, bioinformatisk analys av genomik- och proteomikdata från storskaliga experiment – särskilt data från DNA-sekvensning och proteinmasspektrometri: hur denna teori är implementerad i de aktuella verktygen för att hantera, analysera och visualisera data; hur dessa verktyg kan användas med verkliga storskaliga molekylärbiologiska data; och hur resultatet av analyserna kan tolkas i ett biologiskt eller medicinskt relevant sammanhang.

Kursen består av föreläsningar, studentledda presentationer, datorbaserade laborationer samt ett projekt.

Kursen riktar sig huvudsakligen till studenter på civilingenjörsprogrammet i bioteknologi och mastersprogrammen i Medicinsk bioteknologi och Molekylära tekniker inom livsvetenskaperna.

Lärandemål

Detta är en fortsättningskurs i bioinformatik. Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • beskrivade viktigaste storskaliga experimentella teknikerna som används för att undersöka DNA-, RNA- och proteininnehållet i en cell, vävnad eller organism.
  • förklara teorin bakom aktuella verktyg/algoritmer för behandling av data från storskaliga molekylärbiologiska experiment.
  • välja lämpliga metoder och verktyg för att analysera data från storskaliga molekylärbiologiska experiment.
  • Använda verktyg för att analysera data från storskaliga molekylärbiologiska experiment
  • tolka resultaten av dataanalyserna i ett biologiskt eller medicinskt relevant sammanhang
  • reflektera över valet av metoder och verktyg och hur det påverkar resultatet av analyserna

Kurslitteratur och förberedelser

Särskild behörighet

För programstudenter vid KTH krävs:
Minst 150 högskolepoäng från årskurs 1, 2 och 3 varav minst 100 högskolepoäng från årskurs 1 och 2 samt kandidatexamensarbete måste vara avklarade. I de 150 poängen skall ingå avklarade kurser motsvarande minst 20 hp matematik, numeriska metoder, data, varav minst 5 hp utgörs av numeriska metoder och data, 20 hp kemi där även kurs i kemisk mätteknik kan ingå samt 20 hp bioteknik eller molekylärbiologi

För fristående studerande krävs:
Totalt 20 högskolepoäng (hp) inom biokemi, mikrobiologi och genetik/molekylärbiologi. 30 högskolepoäng (hp) kemi, samt totalt 20 högskolepoäng (hp) inom matematik och programmering, samt bioinformatik 3,5 högskolepoäng (hp) och statistik 3,5 högskolepoäng (hp) eller motsvarande, samt dokumenterade kunskaper i engelska motsvarande Engelska B

Rekommenderade förkunskaper

Följande kurser, eller motsvarande, rekommenderas: Bioinformatik och grundläggande sannolikhetsteori motsvarande BB2440 Bioinformatik och biostatistik, (eller bioinformatik motsvarande DD2396 Bioinformatik samt sannolikhetsteori motsvarande SF1901 Sannolikhetsteori och statistik). Datorvana motsvarande kursen DD2397 Tillämpad bioinformatik.

Utrustning

Ingen information tillagd

Kurslitteratur

Vetenskapliga artiklar och webbresurser som delas ut under kursen. Alla föreläsningsbilder.  

Examination och slutförande

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

Betygsskala

A, B, C, D, E, FX, F

Examination

  • LABA - Datorlaboration, 1,5 hp, betygsskala: P, F
  • PRO1 - Projekt, 6,0 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

Inga hjälpmedel är tillåtna utom de som specificeras i kurs-PM.

Övriga krav för slutbetyg

Slutbetyget på kursen bestäms av betyget på projektet (PRO1, betygsskala A-F). Godkänt betyg (P) på LABA krävs också. Det finns moment i kursen som har obligatorisk närvaro.

Möjlighet till komplettering

Ingen information tillagd

Möjlighet till plussning

Ingen information tillagd

Examinator

Etiskt förhållningssätt

  • Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
  • Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
  • Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.

Ytterligare information

Kursrum i Canvas

Registrerade studenter hittar information för genomförande av kursen i kursrummet i Canvas. En länk till kursrummet finns under fliken Studier i Personliga menyn vid kursstart.

Ges av

Huvudområde

Bioteknik

Utbildningsnivå

Avancerad nivå

Påbyggnad

Ingen information tillagd

Övrig information

Anmälan senast två veckor innan tentamen är obligatorisk.

Kursen ges under förutsättning att minst sju studenter tackar ja till erbjuden plats.