In English

BB2280 Molekylär modellering 7,5 hp

Molecular Modeling

  • Utbildningsnivå

    Avancerad nivå

  • Kursnivå (A-D)

    D

  • Huvudområde

    Bioteknik

  • Betygsskala

    A, B, C, D, E, FX, F

Kurstillfällen/kursomgångar

HT12 för programstuderande

HT13 för programstuderande

HT13 för programstuderande

  • Perioder

    HT13 P2 (7,5 hp)

  • Anmälningskod

    50393

  • Kursen startar

    2013 vecka: 45

  • Kursen slutar

    2014 vecka: 3

  • Undervisningsspråk

    Engelska

  • Campus

    AlbaNova

  • Antal föreläsningar

  • Antal övningar

  • Undervisningstid

    Dagtid

  • Undervisningsform

    Normal

  • Antal platser

    Ingen begränsning

  • Kursansvarig

    Mårten Ahlquist <ahlqvi@kth.se>

  • Målgrupp

    Sökbar endast för SWB

Lärandemål

Datorsimuleringar är idag ett viktigt redskap för studiet av kemiska processer i så vitt skilda system som isolerade molekyler, vätskor, polymerer, fasta tillståndet, samt biologiska makromoleyler, som proteiner och DNA. Den enorma utvecklingen på datorhårdvarusidan innebär att molekylär modellering som fält utvecklas mycket snabbt.

Målet med denna kurs är att ge en överblick över de metoder och tekniker som används inom modern molekylär modellering. Grundläggande teori kommer att behandlas och tillämpningar inom kemi, biokemi och läkemedelskemi kommer att beröras.

Kursens huvudsakliga innehåll

Kursen består av både föreläsningar och praktiska datorövningar. Följande ämnen kommer att behandlas:

  • Grundläggande kvantkemi. Molekylorbitalerteori, semiempiriska metoder
  • Grundläggande täthetsfunktionalsteori (DFT)
  • Molekylmekanik och molekyldynamik
  • Monte Carlo metoder
  • Energiminimering och potentialytor
  • QM/MM metoder
  • Solvatisering och omgivningseffekter
  • Teoretiska metoder inom läkemedelskemi: dockning, proteinstruktur prediktion, QSAR
  • Simulering av kemiska reaktioner i lösningar
  • Modellering av enzymatisk katalys
  • Studiebesök på ett läkemedelsföretag

Behörighet

Minst 150 högskolepoäng från årskurs 1, 2 och 3 varav minst 100 högskolepoäng från årskurs 1 och 2 samt kandidatexamensarbete måste vara avklarade.

I de 150 poängen skall ingå avklarade kurser motsvarande minst 20 hp matematik, numeriska metoder, data, varav minst 5 hp utgörs av numeriska metoder och data, 20 hp kemi där även kurs i kemisk mätteknik kan ingå samt 20 hp bioteknik eller molekylärbiologi

Rekommenderade förkunskaper

Grundkurserna i kemi och matematik för K och BIO.

Litteratur

Andrew R. Leach: Molecular Modelling, Principles and Applications, 2ed, samt utdelat material.

Examination

  • LAB1 - Laborationer, 1,5 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F
  • TEN1 - Tentamen, 6,0 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Krav för slutbetyg

Hemtentamen (TEN1, 6,0 hp, betygsskala A – F) och godkänd laborationskurs (LAB1, 1,5 hp, betygsskala A - F).

Ges av

BIO/Bioteknologi - gru

Examinator

Hans Ågren <hagren@kth.se>

Övrig information

Anmälan senast två veckor innan tentamen är obligatorisk.

Kursen ges under förutsättning att minst sju studenter tackar ja till erbjuden plats

Versionsinformation

Kursplan giltig från och med HT11.
Examinationsinformation giltig från och med HT07.