In English

DD2399 Omikdata och systembiologi 7,5 hp

Omic Data and Systems Biology

Advanced course in computer science focusing on the analysis of high troughput omics data (i.e., genomic, transcriptomic, and proteomic data).

  • Utbildningsnivå

    Avancerad nivå

  • Kursnivå (A-D)

    D

  • Huvudområde

    Datalogi och datateknik

  • Betygsskala

    A, B, C, D, E, FX, F

Kurstillfällen/kursomgångar

VT13 TSYBM för programstuderande

VT14 omsys14 för programstuderande

  • Perioder

    VT14 P3 (7,5 hp)

  • Anmälningskod

    60090

  • Kursen startar

    2014 vecka: 4

  • Kursen slutar

    2014 vecka: 12

  • Undervisningsspråk

    Engelska

  • Campus

    KTH Campus

  • Antal föreläsningar

    20 (preliminärt)

  • Antal övningar

  • Undervisningstid

    Dagtid

  • Undervisningsform

    Normal

  • Antal platser

    Ingen begränsning

  • Målgrupp

    Sökbar för studenter på civilingenjörsprogram som har uppnått minst 90 hp varav minst 50 hp från årskurs 1.
    Sökbar för studenter på masterprogram.

  • Del av program

Lärandemål

Efter fullföljd kurs ska du kunna

  • diskutera modern dataproduktion med molekylärbiologer
  • känna till offentliga databaser tillräckligt väl för att kunna avgöra ett projekts genomförbarhet
  • använda populära datorverktyg för omikdata samt förklara och diskutera deras relativa fördelar
  • ge intuitiva förklaringar av algoritmer och metoder för analys av omikdata och, med hjälp av litteraturen, implementera dessa.

Kursens huvudsakliga innehåll

Beskrivning av klassiska och moderna metoder ("high-troughput") för att sekvensera DNA och analysera proteiner med hjälp av masspektrometri. Metoder för sammansättning av modeller av genom och gener från DNA-data. Placering av korta DNA-läsningar på ett genom för vidare analys av genomvariation och genstruktur. Tekniker för analys av geners struktur och aktivitet. Identifiering och kvantifiering av proteiner givet masspektrometridata.

Behörighet

För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.

Rekommenderade förkunskaper

Bioinformatik motsvarande DD2397/DD2404 Tillämpad bioinformatik. Datalogi motsvarande DD1339/DD1340/DD1341 Introduktion till datalogi eller DD1320/DD1321 Tillämpad datalogi.
Sannolikhetslära motsvarande SF1901 Sannolikhetsteori och statistik.

Litteratur

Anges på kursens webbsida senast 4 veckor innan kursstart.

Examination

  • LAB1 - Laborationer, 7,5 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.

Krav för slutbetyg

Three laborations.

Ges av

CSC/Datalogi

Kontaktperson

Lars Arvestad, e-post: arve@kth.se

Examinator

Lars Arvestad <arve@kth.se>

Påbyggnad

Please discuss with the instructor.

Versionsinformation

Kursplan giltig från och med VT13.
Examinationsinformation giltig från och med VT09.