DD2399 Omikdata och systembiologi 7,5 hp
Denna kurs är avvecklad.
Sista planerade examination: VT 2018
Avvecklingsbeslut:
Ingen information tillagdInnehåll och lärandemål
Kursinnehåll
Beskrivning av klassiska och moderna metoder ("high-troughput") för att sekvensera DNA och analysera proteiner med hjälp av masspektrometri. Metoder för sammansättning av modeller av genom och gener från DNA-data. Placering av korta DNA-läsningar på ett genom för vidare analys av genomvariation och genstruktur. Tekniker för analys av geners struktur och aktivitet. Identifiering och kvantifiering av proteiner givet masspektrometridata.
Lärandemål
Efter fullföljd kurs ska du kunna
- diskutera modern dataproduktion med molekylärbiologer
- känna till offentliga databaser tillräckligt väl för att kunna avgöra ett projekts genomförbarhet
- använda populära datorverktyg för omikdata samt förklara och diskutera deras relativa fördelar
- ge intuitiva förklaringar av algoritmer och metoder för analys av omikdata och, med hjälp av litteraturen, implementera dessa.
Kurslitteratur och förberedelser
Särskild behörighet
För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.
Rekommenderade förkunskaper
Bioinformatik motsvarande DD2397/DD2404 Tillämpad bioinformatik. Datalogi motsvarande DD1339/DD1340/DD1341 Introduktion till datalogi eller DD1320/DD1321 Tillämpad datalogi.
Sannolikhetslära motsvarande SF1901 Sannolikhetsteori och statistik.
Utrustning
Kurslitteratur
Anges på kursens webbsida senast 4 veckor innan kursstart.
Examination och slutförande
När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.
Betygsskala
Examination
- LAB1 - Laborationer, 7,5 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F
Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.
Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.
I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.
Övriga krav för slutbetyg
Three laborations.
Möjlighet till komplettering
Möjlighet till plussning
Examinator
Etiskt förhållningssätt
- Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
- Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
- Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.
Ytterligare information
Kursrum i Canvas
Ges av
Huvudområde
Utbildningsnivå
Påbyggnad
Please discuss with the instructor.