DD2450 Algoritmisk bioinformatik 6,0 hp

Algorithmic Bioinformatics

En introduktion till den datalogiska delen av bioinformatik.

  • Utbildningsnivå

    Avancerad nivå
  • Kursnivå (A-D)

    D
  • Huvudområde

    Bioteknik
    Datalogi och datateknik
    Informations- och kommunikationsteknik
    Informationsteknik
  • Betygsskala

    A, B, C, D, E, FX, F

Det finns inget planerat kurstillfälle.

Lärandemål

Studenten ska efter genomgången kurs kunna

  • redogöra med egna ord för genreglering, centrala dogmat, mutationer som påverkar genom och experimentella "high throughput"-tekniker,
  • implementera och redogöra för de algoritmer som beskrivs i kursen och hur de relaterar till varandra,
  • tillämpa de grundläggande algoritmdesignmetoderna dynamisk programmering, MCMC och EM inom bioinformatik,
  • redogöra för modelleringsprinciperna parsimoni, maskininlärning och bayesiansk modellering.

Kursens huvudsakliga innehåll

Algoritmer för problem som alignment, fylogeni, sortering genom vändning, en introduktion till dolda Markovkedjor.

Behörighet

För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.

Rekommenderade förkunskaper

Motsvarande en av kurserna 2D1353/DD1352 Algoritmer, datastrukturer och komplexitet eller DD2354 Algoritmer och komplexitet eller DD2352 Algoritmer och komplexitet. Eventuellt kan dessa ersättas av andra kurser (kontakta kursledaren).

Litteratur

Meddelas senast 4 veckor före kursstart på kursens hemsida. Föregående läsår användes material producerat vid institutionen.

Examination

  • ÖVN1 - Inlämningsuppgifter, 6,0, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.

Krav för slutbetyg

Inlämningsuppgifter (ÖVN1; 6 hp).

Ges av

CSC/Datalogi

Kontaktperson

Lars Arvestad, e-post: arve@kth.se

Examinator

Lars Arvestad <arve@kth.se>

Påbyggnad

Diskuteras med kursledaren.

Versionsinformation

Kursplan giltig från och med HT09.
Examinationsinformation giltig från och med HT07.