In English

DD2397 Tillämpad bioinformatik 7,5 hp

Applied Bioinformatics

OBS!

Denna kurs är under avveckling.

  • Utbildningsnivå

    Avancerad nivå

  • Kursnivå (A-D)

    C

  • Huvudområde

    Datalogi och datateknik

  • Betygsskala

    P, F

Sista planerade examination: HT15

Kurstillfällen/kursomgångar

HT12 TBSBM, TBIOM för programstuderande INSTÄLLD

Lärandemål

Inom molekylärbiologin har bioinformatik blivit ett viktigt verktyg för att kunna hantera och dra nytta av de stora mängder värdefulla data som produceras. Datoriserad analys har en roll som både ett stöd för laborativa projekt och ett sätt att extrahera kunskap från befintliga datamängder. Den snabbt ökande mängden information gör dock att det ställs nya krav på att automatisera och göra analyser storskaliga. Den här kursen syftar till att introducera tekniker för att möta denna utmaning.

Kursens huvudsakliga innehåll

Efter fullföljd kurs ska du kunna

  • strukturera information för effektiv datorbaserad lagring och analys
  • använda relationsdatabaser
  • skapa egna relationsdatabaser
  • använda ett skriptspråk för att lösa vardagliga bioinformatikproblem
  • använda viktiga kodbibliotek i området för att snabbare hitta lösningar på jobbiga programmeringsproblem.

De ämnen som kursen tar upp har många användningsområden, men vi kommer att fokusera på tillämpningar inom bioinformatiken.

Behörighet

För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.

Rekommenderade förkunskaper

För programstudenter: en programmeringskurs (2D1310/DD1310, 2D1321/DD1321 eller 2D1322/DD1322).

Litteratur

Kurslitteratur meddelas senast 4 veckor före kursstart på kursens hemsida.

Examination

  • LAB1 - Laborationer, 4,5 hp, betygsskala: P, F
  • PRO1 - Projekt, 3,0 hp, betygsskala: P, F

I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.

Krav för slutbetyg

Laborationer (LAB1, 4,5 hp)
Projekt (PRO1, 3 hp)

Ges av

CSC/Datalogi

Kontaktperson

Lars Arvestad, tel: 5537 8465, e-post: arve@kth.se

Examinator

Lars Arvestad <arve@kth.se>

Övrig information

Kursen ersätts från höstterminen 2012 av kursen DD2404 med samma namn.

Påbyggnad

DD2399 Omikdata och systembiologi

Versionsinformation

Kursplan giltig från och med HT09.
Examinationsinformation giltig från och med HT07.