In English

DD2436 Modellering av cellbiologiska processer 6,0 hp

Modelling of Processes in Cell Biology

OBS!

Denna kurs är under avveckling.

Kursen behandlar matematisk modellering och datorsimulering av cellens biokemiska reaktioner, reaktionsnätverk samt genetiska reglernätverk.

  • Utbildningsnivå

    Avancerad nivå

  • Kursnivå (A-D)

    D

  • Huvudområde

  • Betygsskala

    A, B, C, D, E, FX, F

Sista planerade examination: HT14

Kurstillfällen/kursomgångar

HT13 cellmod för programstuderande INSTÄLLD

  • Perioder

    HT13 P1 (6,0 hp)

  • Anmälningskod

    50135

  • Kursen startar

    2013 vecka: 36

  • Kursen slutar

    2013 vecka: 44

  • Undervisningsspråk

    Engelska

  • Campus

    KTH Campus

  • Antal föreläsningar

  • Antal övningar

  • Undervisningstid

    Dagtid

  • Undervisningsform

    Normal

  • Antal platser

    Ingen begränsning

  • Schema

    Schema (nytt fönster)

  • Kursansvarig

    Erik Fransén <erikf@kth.se>

  • Målgrupp

    Sökbar för studenter på civilingenjörsprogram som har uppnått minst 90 hp varav minst 50 hp från årskurs 1.
    Sökbar för studenter på masterprogram.

Lärandemål

Efter kursen ska studenten kunna

  • förklara användningen av och antaganden bakom biofysikaliska och biokemiska modeller och metodiker
  • beräkna grundläggande biofysikaliska och biokemiska storheter inom stökiometri, jonstatik, jondynamik, diffusion och cellkompartments
  • exemplifiera användandet av kontinuerliga, stokastiska eller boolska modeller
  • använda och vidareutveckla simuleringsprogramvara för genetiska och biokemiska nätverk

för att studenten

  • ska kunna förklara användningen av och antaganden bakom biologiska modeller
  • i yrkeslivet ska kunna utföra biologiskt modellerings och simuleringsarbete

Kursens huvudsakliga innehåll

Kursen behandlar i första hand matematisk modellering och datorsimulering av subcellulära processer. Tonvikten ligger på modellering av biokemiska reaktioner och reaktionsnätverk samt genetiska reglernätverk. Dessutom ingår jonkanaldynamik samt biologisk morfogenes. Både dynamik och diffusionsaspekter kommer att behandlas.

Behörighet

För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.

Rekommenderade förkunskaper

Motsvarande de för D, E och F obligatoriska kurserna i matematik, numeriska metoder och datalogi. Därutöver rekommenderas kurserna DD2400 Cell- och molekylärbiologi samt DD2401 Neurovetenskap eller motsvarande.

Litteratur

Meddelas senast 4 veckor före kursstart på kursens hemsida. Föregående läsår användes: Fall et al., Computational Cell Biology, Springer Verlag.

Examination

  • LAB1 - Laborationer, 1,5 hp, betygsskala: P, F
  • TEN2 - Tentamen, 4,5 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.

Krav för slutbetyg

En tentamen (TEN2, 4,5 hp).
Laborationsuppgifter (LAB1, 1,5 hp).

Ges av

CSC/Datalogi

Kontaktperson

Erik Fransén, e-post: erikf@kth.se

Examinator

Erik Fransén <erikf@kth.se>

Övrig information

För den som även intresserar sig för nervceller och hjärnans funktion rekommenderar vi i stället DD2435 Neuronnäts- och biomodellering. Kursen samläser till stor del med DD2435 Neuronnäts- och biomodellering och kan ej kombineras med denna.

Den största delen av undervisningen på denna kurs sker på Campus Valhallavägen men en viss undervisning sker på AlbaNova.

Påbyggnad

Diskuteras med kursledaren. 

Versionsinformation

Kursplan giltig från och med HT09.
Examinationsinformation giltig från och med HT07.