DD2398 Kvantitativ systembiologi 7,5 hp

• Utbildningsnivå

  Avancerad nivå

• Kursnivå (A-D)

  D

• Huvudområde

  Datalogi och datateknik
  

• Betygsskala

  A, B, C, D, E, FX, F

• Kursens hemsida

• Kurssida på KTH Social

Lärandemål

Studenten kommer efter avklarad kurs att kunna

* formulera matematiska modeller av genreglerande nätverk
  på nivån av kinetiska ekvationer".

* simulera sådana system och jämföra med experimentella data;

* redogöra för nätverksegenskaper i genomiska data

* beräkna enkla grafteoretiska egenskaper ur sådana data

för att

* självständigt kunna konstruera datorprogram som
  modellerar molekylära mekanismer vid genreglering

* i yrkeslivet kunna identifiera biologiska frågeställningar som är välbeskrivna, och för vilka matematisk modellering och simuleringar kan vara fruktbara.

Kursens huvudsakliga innehåll

En allmän genomgång av nätverk för transkriptionell reglering, signalöverföring och andra valda biologiska
system. En diskussion om begreppet robusthet i biologi. Optimalitet och robusthet i biologiska nätverk. Felkorrigering och felkontroll i biologisk informationsbearbetning. Principer för kinetiska
ekvationer i modellering av genreglering. Motiv i biologiska och andra nätverk.

Behörighet

För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.

Rekommenderade förkunskaper

Dels väl inhämtade grundläggande kunskaper i tillämpad matematik och datalogi, motsvarande de obligatoriska kurserna i matematik, datalogi och numerisk analys på D-, E- eller F-programmet. Dels motsvarande kursen SK2530 Introduction to Biomedicine.

Litteratur

Uri Alon, 2007
An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits
Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology Series
ISBN-10: 1-58488-642-0
ISBN-13: 978-158488-642-6

Examination

• LAB1 - Laboration, 2,5 hp, betygsskala: P, F
• TEN1 - Tentamen, 5,0 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Studenterna kommer att ha tillfälle att korrigera varje icke korrekt utförd inlämningsuppgift en gång fram till den muntliga tentamen på kursen, dock längst tre veckor efter sista föreläsning. Övriga möjligheter till prov/inlämningsuppgifter för att bli godkänd på kursen efter överenskommelse med kursledaren i varje enskilt föreliggande fall.

I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.

Krav för slutbetyg

Kunskapskontroll kommer att ske med fyra inlämningsuppgifter, där en korrekt utförd inlämningsuppgift ger ett betygspoäng.
För betyget 5 krävs fyra korrekt utförda inlämningsuppgifter samt en muntlig tentamen.

Muntlig tentamen utförs av kursledaren med en bisittare under minst 30 minuter och högst 60 minuter per student.

Ges av

CSC/Datalogi

Kontaktperson

Erik Aurell, tel: 5537 8813, e-post: eaurell@kth.se

Examinator

Erik Aurell <eaurell@kth.se>

Påbyggnad

Senare obligatoriska och valfria kurser i  KTHs Internationella masterprogram i beräkningsbiologi och systembiologi, särskilt DD2399 Omikdata och systembiologi, DD2450 Algoritmisk bioinformatik,  SK2520 Experimentella metoder inom molekylär biofysik, HL1008 Cell- och molekylärbiologi, och DD2447 Statistiska metoder i datalogin.

Versionsinformation

Kursplan giltig från och med HT09.
Examinationsinformation giltig från och med VT09.