BB2280 Molekylär modellering 7,5 hp

Molecular Modeling

  • Utbildningsnivå

    Avancerad nivå
  • Huvudområde

    Bioteknik
  • Betygsskala

    A, B, C, D, E, FX, F

Kurstillfällen/kursomgångar

HT19 för programstuderande

HT18 för programstuderande

HT18 Doktorand för fristående studerande

  • Perioder

    HT18 P2 (7,5 hp)

  • Anmälningskod

    10183

  • Kursen startar

    2018-10-29

  • Kursen slutar

    2019-01-14

  • Undervisningsspråk

    Engelska

  • Studielokalisering

    KTH Campus

  • Undervisningstid

    Dagtid

  • Undervisningsform

    Normal

  • Antal platser *

    Max. 1

    *) Vid fler sökande än platser kommer urval att ske.

  • Kursansvarig

    Murugan Natarajan Arul <murugan@kth.se>

  • Lärare

    Murugan Natarajan Arul <murugan@kth.se>

    Mårten Ahlquist <ahlqui@kth.se>

    Xin Li <lxin@kth.se>

  • Målgrupp

    För doktorander på KTH

Lärandemål

Datorsimuleringar är idag ett viktigt redskap för studiet av kemiska processer i så vitt skilda system som isolerade molekyler, vätskor, polymerer, fasta tillståndet, samt biologiska makromoleyler, som proteiner och DNA. Den enorma utvecklingen på datorhårdvarusidan innebär att molekylär modellering som fält utvecklas mycket snabbt.

Målet med denna kurs är att ge en överblick över de metoder och tekniker som används inom modern molekylär modellering. Grundläggande teori kommer att behandlas och tillämpningar inom kemi, biokemi och läkemedelskemi kommer att beröras.

Kursens huvudsakliga innehåll

Kursen består av både föreläsningar och praktiska datorövningar. Följande ämnen kommer att behandlas:

  • Grundläggande kvantkemi. Molekylorbitalerteori, semiempiriska metoder
  • Grundläggande täthetsfunktionalsteori (DFT)
  • Molekylmekanik och molekyldynamik
  • Monte Carlo metoder
  • Energiminimering och potentialytor
  • QM/MM metoder
  • Solvatisering och omgivningseffekter
  • Teoretiska metoder inom läkemedelskemi: dockning, proteinstruktur prediktion, QSAR
  • Simulering av kemiska reaktioner i lösningar
  • Modellering av enzymatisk katalys
  • Studiebesök på ett läkemedelsföretag

Behörighet

För programstudenter vid KTH krävs:
Minst 150 högskolepoäng från årskurs 1, 2 och 3 varav minst 100 högskolepoäng från årskurs 1 och 2 samt kandidatexamensarbete måste vara avklarade. I de 150 poängen skall ingå avklarade kurser motsvarande minst 20 hp matematik, numeriska metoder, data, varav minst 5 hp utgörs av numeriska metoder och data, 20 hp kemi där även kurs i kemisk mätteknik kan ingå samt 20 hp bioteknik eller molekylärbiologi.

För fristående studerande krävs:
Totalt 20 högskolepoäng (hp) inom bioteknik eller molekylärbiologi. 20 högskolepoäng (hp) kemi även kurs i kemisk mätteknik kan ingå, samt totalt 20 högskolepoäng (hp) inom matematik och programmering, varav minst 5 hp utgörs av numeriska metoder och data, samt dokumenterade kunskaper i engelska motsvarande Engelska B

Rekommenderade förkunskaper

Grundkurserna i kemi och matematik för K och BIO.

Litteratur

Andrew R. Leach: Molecular Modelling, Principles and Applications, 2ed, samt utdelat material.

Examination

  • LAB1 - Laborationer, 1,5, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F
  • TEN1 - Tentamen, 6,0, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Krav för slutbetyg

Tentamen (TEN1, 6,0 hp, betygsskala A – F) och godkänd laborationskurs (LAB1, 1,5 hp, betygsskala A - F).

Ges av

CBH/Teoretisk kemi och biologi

Examinator

Mårten Ahlquist <ahlqui@kth.se>

Övrig information

Anmälan senast två veckor innan tentamen är obligatorisk.

Kursen ges under förutsättning att minst sju studenter tackar ja till erbjuden plats

Versionsinformation

Kursplan gäller från och med VT2019.
Examinationsinformation gäller från och med VT2019.