Kursinnehåll

Kursen består av både föreläsningar och praktiska datorövningar. Följande ämnen kommer att behandlas:

• Grundläggande kvantkemi. Molekylorbitalerteori, semiempiriska metoder
• Grundläggande täthetsfunktionalsteori (DFT)
• Molekylmekanik och molekyldynamik
• Monte Carlo metoder
• Energiminimering och potentialytor
• QM/MM metoder
• Solvatisering och omgivningseffekter
• Teoretiska metoder inom läkemedelskemi: dockning, proteinstruktur prediktion, QSAR
• Simulering av kemiska reaktioner i lösningar
• Modellering av enzymatisk katalys
• Studiebesök på ett läkemedelsföretag

Lärandemål

Datorsimuleringar är idag ett viktigt redskap för studiet av kemiska processer i så vitt skilda system som isolerade molekyler, vätskor, polymerer, fasta tillståndet, samt biologiska makromoleyler, som proteiner och DNA. Den enorma utvecklingen på datorhårdvarusidan innebär att molekylär modellering som fält utvecklas mycket snabbt.

Målet med denna kurs är att ge en överblick över de metoder och tekniker som används inom modern molekylär modellering. Grundläggande teori kommer att behandlas och tillämpningar inom kemi, biokemi och läkemedelskemi kommer att beröras.

Kursupplägg

Ingen information tillagd

Särskild behörighet

För programstudenter vid KTH krävs:
Minst 150 högskolepoäng från årskurs 1, 2 och 3 varav minst 100 högskolepoäng från årskurs 1 och 2 samt kandidatexamensarbete måste vara avklarade. I de 150 poängen skall ingå avklarade kurser motsvarande minst 20 hp matematik, numeriska metoder, data, varav minst 5 hp utgörs av numeriska metoder och data, 20 hp kemi där även kurs i kemisk mätteknik kan ingå samt 20 hp bioteknik eller molekylärbiologi.

För fristående studerande krävs:
Totalt 20 högskolepoäng (hp) inom bioteknik eller molekylärbiologi. 20 högskolepoäng (hp) kemi även kurs i kemisk mätteknik kan ingå, samt totalt 20 högskolepoäng (hp) inom matematik och programmering, varav minst 5 hp utgörs av numeriska metoder och data, samt dokumenterade kunskaper i engelska motsvarande Engelska B

Rekommenderade förkunskaper

Grundkurserna i kemi och matematik för K och BIO.

Utrustning

Ingen information tillagd

Kurslitteratur

Andrew R. Leach: Molecular Modelling, Principles and Applications, 2ed, samt utdelat material.

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

Betygsskala

A, B, C, D, E, FX, F

Examination

• LAB1 - Laborationer, 1,5 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F
• TEN1 - Skriftlig tentamen, 6,0 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s samordnare för funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

Övriga krav för slutbetyg

Tentamen (TEN1, 6,0 hp, betygsskala A – F) och godkänd laborationskurs (LAB1, 1,5 hp, betygsskala A - F).

Möjlighet till komplettering

Ingen information tillagd

Möjlighet till plussning

Ingen information tillagd

Examinator

Mårten Ahlquist

Etiskt förhållningssätt

• Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
• Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
• Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.

Kurswebb

Ytterligare information om kursen kan hittas på kurswebben via länken nedan. Information på kurswebben kommer framöver flyttas till denna sida.

Ges av

CBH/Teoretisk kemi och biologi

Huvudområde

Bioteknik

Utbildningsnivå

Avancerad nivå

Påbyggnad

Ingen information tillagd

Övrig information

Anmälan senast två veckor innan tentamen är obligatorisk.

Kursen ges under förutsättning att minst sju studenter tackar ja till erbjuden plats