DD2450 Algoritmisk bioinformatik 6,0 hp
Denna kurs är avvecklad.
Sista planerade examination: VT 2017
Avvecklingsbeslut:
Ingen information tillagd
En introduktion till den datalogiska delen av bioinformatik.
Innehåll och lärandemål
Kursinnehåll
Algoritmer för problem som alignment, fylogeni, sortering genom vändning, en introduktion till dolda Markovkedjor.
Lärandemål
Studenten ska efter genomgången kurs kunna
- redogöra med egna ord för genreglering, centrala dogmat, mutationer som påverkar genom och experimentella "high throughput"-tekniker,
- implementera och redogöra för de algoritmer som beskrivs i kursen och hur de relaterar till varandra,
- tillämpa de grundläggande algoritmdesignmetoderna dynamisk programmering, MCMC och EM inom bioinformatik,
- redogöra för modelleringsprinciperna parsimoni, maskininlärning och bayesiansk modellering.
Kursupplägg
Kurslitteratur och förberedelser
Särskild behörighet
För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.
Rekommenderade förkunskaper
Motsvarande en av kurserna 2D1353/DD1352 Algoritmer, datastrukturer och komplexitet eller DD2354 Algoritmer och komplexitet eller DD2352 Algoritmer och komplexitet. Eventuellt kan dessa ersättas av andra kurser (kontakta kursledaren).
Utrustning
Kurslitteratur
Meddelas senast 4 veckor före kursstart på kursens hemsida. Föregående läsår användes material producerat vid institutionen.
Examination och slutförande
När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.
Betygsskala
Examination
- ÖVN1 - Inlämningsuppgifter, 6,0 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F
Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.
Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.
I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.
Övriga krav för slutbetyg
Inlämningsuppgifter (ÖVN1; 6 hp).
Möjlighet till komplettering
Möjlighet till plussning
Examinator
Etiskt förhållningssätt
- Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
- Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
- Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.
Ytterligare information
Kurswebb
Ytterligare information om kursen kan hittas på kurswebben via länken nedan. Information på kurswebben kommer framöver flyttas till denna sida.
Kurswebb DD2450Ges av
Huvudområde
Utbildningsnivå
Påbyggnad
Diskuteras med kursledaren.