Kursinnehåll

Algoritmer för problem som alignment, fylogeni, sortering genom vändning, en introduktion till dolda Markovkedjor.

Lärandemål

Studenten ska efter genomgången kurs kunna

• redogöra med egna ord för genreglering, centrala dogmat, mutationer som påverkar genom och experimentella "high throughput"-tekniker,
• implementera och redogöra för de algoritmer som beskrivs i kursen och hur de relaterar till varandra,
• tillämpa de grundläggande algoritmdesignmetoderna dynamisk programmering, MCMC och EM inom bioinformatik,
• redogöra för modelleringsprinciperna parsimoni, maskininlärning och bayesiansk modellering.

Kursupplägg

Ingen information tillagd

Särskild behörighet

För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.

Rekommenderade förkunskaper

Motsvarande en av kurserna 2D1353/DD1352 Algoritmer, datastrukturer och komplexitet eller DD2354 Algoritmer och komplexitet eller DD2352 Algoritmer och komplexitet. Eventuellt kan dessa ersättas av andra kurser (kontakta kursledaren).

Utrustning

Ingen information tillagd

Kurslitteratur

Meddelas senast 4 veckor före kursstart på kursens hemsida. Föregående läsår användes material producerat vid institutionen.

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

Betygsskala

A, B, C, D, E, FX, F

Examination

• ÖVN1 - Inlämningsuppgifter, 6,0 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s samordnare för funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.

Övriga krav för slutbetyg

Inlämningsuppgifter (ÖVN1; 6 hp).

Möjlighet till komplettering

Ingen information tillagd

Möjlighet till plussning

Ingen information tillagd

Examinator

Lars Arvestad

Etiskt förhållningssätt

• Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
• Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
• Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.

Kurswebb

Ytterligare information om kursen kan hittas på kurswebben via länken nedan. Information på kurswebben kommer framöver flyttas till denna sida.

Ges av

CSC/Datalogi

Huvudområde

Bioteknik, Datalogi och datateknik, Informations- och kommunikationsteknik, Informationsteknik

Utbildningsnivå

Avancerad nivå

Påbyggnad

Diskuteras med kursledaren.

Kontaktperson

Lars Arvestad, e-post: arve@kth.se