Hoppa till huvudinnehållet
Till KTH:s startsida

DD2396 Bioinformatik 6,0 hp

Information per kursomgång

Kursomgångar saknas för aktuella eller kommande terminer.

Kursplan som PDF

Notera: all information från kursplanen visas i tillgängligt format på denna sida.

Kursplan DD2396 (HT 2009–)
Rubriker med innehåll från kursplan DD2396 (HT 2009–) är markerade med en asterisk ( )

Innehåll och lärandemål

Kursinnehåll

Efter fullföljd kurs ska du kunna

  • utnyttja de viktigaste öppna databaserna för litteratur, sekvensdata och strukturinformation,
  • utföra jämförelser av sekvenser samt ge goda tolkningar av resultaten,
  • rationellt välja mellan olika modeller av evolution,
  • återskapa en sekvensfamiljs evolutionära historia på bästa sätt,
  • ta fram viktig strukturell information om gener, proteiner, och genom,
  • tolka och använda information of geners aktivitet,
  • skatta signifikansen på bioinformatiska resultat,
  • diskutera möjligheter och begränsningar hos bioinformatiska verktyg,
  • planera för nya bioinformatiska problem och kunna lösa dessa genom att kombinera verktygen som du lär dig i kursen.

Lärandemål

Det övergripande målet för kursen är att ge grundläggande kunskaper om de bioinformatikverktyg som finns tillgängliga idag. Detta innefattar teoretisk förståelse samt färdigheter i att praktiskt hantera verktygen. Kursen ska också visa hur ämnet utvecklas genom exempel från forskningens frontlinje.

Kurslitteratur och förberedelser

Särskild behörighet

3A1501/BB1010 Inledande bioteknik och 3A1512/BB1020 Cellbiologi. Datorvana motsvarande 2D1311/DD1311 Programmeringsteknik eller 2D1212/DD1212 Numeriska metoder och grundläggande programmering.

Rekommenderade förkunskaper

Ingen information tillagd

Utrustning

Ingen information tillagd

Kurslitteratur

Senast användes Baxevanis och Oullette, Bioinformatics: A practical guide to the analysis of genes and proteins, men det kan komma att ändras till nästa kursomgång. Det meddelas senast 4 veckor före kursstart på kursens hemsida.

Examination och slutförande

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

Betygsskala

A, B, C, D, E, FX, F

Examination

  • LABA - Laborationer, 1,5 hp, betygsskala: P, F
  • TENA - Tentamen, 4,5 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.

Övriga krav för slutbetyg

En tentamen (TENA; 4,5 hp).
Laborationer (LABA, 1,5 hp)

Möjlighet till komplettering

Ingen information tillagd

Möjlighet till plussning

Ingen information tillagd

Examinator

Etiskt förhållningssätt

  • Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
  • Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
  • Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.

Ytterligare information

Kursrum i Canvas

Registrerade studenter hittar information för genomförande av kursen i kursrummet i Canvas. En länk till kursrummet finns under fliken Studier i Personliga menyn vid kursstart.

Ges av

Huvudområde

Denna kurs tillhör inget huvudområde.

Utbildningsnivå

Avancerad nivå

Påbyggnad

DD2397 Tillämpad bioinformatik, DD2450 Algoritmisk bioinformatik och även DD2399 Omikdata och systembiologi.

Kontaktperson

Lars Arvestad, tel: 5537 8565, e-post: arve@csc.kth.se