DD2398 Kvantitativ systembiologi 7,5 hp

En allmän genomgång av nätverk för transkriptionell reglering, signalöverföring och andra valda biologiska
system. En diskussion om begreppet robusthet i biologi. Optimalitet och robusthet i biologiska nätverk. Felkorrigering och felkontroll i biologisk informationsbearbetning. Principer för kinetiska
ekvationer i modellering av genreglering. Motiv i biologiska och andra nätverk.

Studenten kommer efter avklarad kurs att kunna

* formulera matematiska modeller av genreglerande nätverk
  på nivån av kinetiska ekvationer".

* simulera sådana system och jämföra med experimentella data;

* redogöra för nätverksegenskaper i genomiska data

* beräkna enkla grafteoretiska egenskaper ur sådana data

för att

* självständigt kunna konstruera datorprogram som
  modellerar molekylära mekanismer vid genreglering

* i yrkeslivet kunna identifiera biologiska frågeställningar som är välbeskrivna, och för vilka matematisk modellering och simuleringar kan vara fruktbara.

För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.

Dels väl inhämtade grundläggande kunskaper i tillämpad matematik och datalogi, motsvarande de obligatoriska kurserna i matematik, datalogi och numerisk analys på D-, E- eller F-programmet. Dels motsvarande kursen SK2530 Introduction to Biomedicine.

Uri Alon, 2007
An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits
Chapman & Hall/CRC Mathematical and Computational Biology Series
ISBN-10: 1-58488-642-0
ISBN-13: 978-158488-642-6

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

• LAB1 - Laboration, 2,5 hp, betygsskala: P, F
• TEN1 - Tentamen, 5,0 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

Studenterna kommer att ha tillfälle att korrigera varje icke korrekt utförd inlämningsuppgift en gång fram till den muntliga tentamen på kursen, dock längst tre veckor efter sista föreläsning. Övriga möjligheter till prov/inlämningsuppgifter för att bli godkänd på kursen efter överenskommelse med kursledaren i varje enskilt föreliggande fall.

I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.

Kunskapskontroll kommer att ske med fyra inlämningsuppgifter, där en korrekt utförd inlämningsuppgift ger ett betygspoäng.
För betyget 5 krävs fyra korrekt utförda inlämningsuppgifter samt en muntlig tentamen.

Muntlig tentamen utförs av kursledaren med en bisittare under minst 30 minuter och högst 60 minuter per student.

Erik Aurell

• Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
• Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
• Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.

Senare obligatoriska och valfria kurser i  KTHs Internationella masterprogram i beräkningsbiologi och systembiologi, särskilt DD2399 Omikdata och systembiologi, DD2450 Algoritmisk bioinformatik,  SK2520 Experimentella metoder inom molekylär biofysik, HL1008 Cell- och molekylärbiologi, och DD2447 Statistiska metoder i datalogin.