Kursinnehåll

Kursen behandlar i första hand matematisk modellering och datorsimulering av subcellulära processer. Tonvikten ligger på modellering av biokemiska reaktioner och reaktionsnätverk samt genetiska reglernätverk. Dessutom ingår jonkanaldynamik samt biologisk morfogenes. Både dynamik och diffusionsaspekter kommer att behandlas.

Lärandemål

Efter kursen ska studenten kunna

• förklara användningen av och antaganden bakom biofysikaliska och biokemiska modeller och metodiker
• beräkna grundläggande biofysikaliska och biokemiska storheter inom stökiometri, jonstatik, jondynamik, diffusion och cellkompartments
• exemplifiera användandet av kontinuerliga, stokastiska eller boolska modeller
• använda och vidareutveckla simuleringsprogramvara för genetiska och biokemiska nätverk

för att studenten

• ska kunna förklara användningen av och antaganden bakom biologiska modeller
• i yrkeslivet ska kunna utföra biologiskt modellerings och simuleringsarbete

Kursupplägg

Ingen information tillagd

Särskild behörighet

För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.

Rekommenderade förkunskaper

Motsvarande de för D, E och F obligatoriska kurserna i matematik, numeriska metoder och datalogi. Därutöver rekommenderas kurserna DD2400 Cell- och molekylärbiologi samt DD2401 Neurovetenskap eller motsvarande.

Utrustning

Ingen information tillagd

Kurslitteratur

Meddelas senast 4 veckor före kursstart på kursens hemsida. Föregående läsår användes: Fall et al., Computational Cell Biology, Springer Verlag.

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

Betygsskala

A, B, C, D, E, FX, F

Examination

• LAB1 - Laborationer, 1,5 hp, betygsskala: P, F
• TEN2 - Tentamen, 4,5 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s samordnare för funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.

Övriga krav för slutbetyg

En tentamen (TEN2, 4,5 hp).
Laborationsuppgifter (LAB1, 1,5 hp).

Möjlighet till komplettering

Ingen information tillagd

Möjlighet till plussning

Ingen information tillagd

Examinator

Erik Fransén

Etiskt förhållningssätt

• Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
• Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
• Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.

Kurswebb

Ytterligare information om kursen kan hittas på kurswebben via länken nedan. Information på kurswebben kommer framöver flyttas till denna sida.

Ges av

CSC/Datalogi

Huvudområde

Ingen information tillagd

Utbildningsnivå

Avancerad nivå

Påbyggnad

Diskuteras med kursledaren. 

Kontaktperson

Erik Fransén, e-post: erikf@kth.se

Övrig information

För den som även intresserar sig för nervceller och hjärnans funktion rekommenderar vi i stället DD2435 Neuronnäts- och biomodellering. Kursen samläser till stor del med DD2435 Neuronnäts- och biomodellering och kan ej kombineras med denna.

Den största delen av undervisningen på denna kurs sker på Campus Valhallavägen men en viss undervisning sker på AlbaNova.