Kursen omfattar circa 200 heltidsstudietimmar och samläses med kursen BB2280. Kursens moment omfattar föreläsningar med fördjupad läsning och reflekterande analys som ligger till grund för utformning och genomförande av ett individuellt projekt där ett forskningsproblem formuleras och studeras (PRO1, cirka 160 heltidsstudietimmar). Vidare ingår datorlaborationer (LAB1, cirka 40 heltidsstudietimmar).
Kursens praktiska innehåll innefattar datorövningar baserade på kursens ämnesfokus samt ett individuellt projekt relaterat till kursens teoretiska grunder. Projektet tar utgångspunkt i en forskningsfråga och är baserat på utvalda forskningsartiklar. Projektet måste möta de teoretiska grunderna och de färdigheter som förvärvats i datorövningarna med studentens forskningsämne som leder till ett originalarbete i form av en skriftlig rapport. Den teoretiska grunden för forskningsfrågan ska inhämtas och en projektplan ska utarbetas innan design- och implementationsfasen påbörjas.
Kursens teoriavsnitt avhandlar ett antal aspekter inom molekylär modellering:
- Grundläggande kvantkemi: Molekylorbitalteori, semiempiriska metoder
- Grundläggande täthetsfunktionalsteori (DFT)
- Molekylmekanik och molekyldynamik
- Monte Carlo metoder
- Energiminimering och potentialenergiytor
- QM/MM metoder
- Solvatisering och omgivningseffekter
- Teoretiska metoder inom läkemedelskemi: dockning, proteinstruktur prediktion, QSAR
- Simulering av kemiska reaktioner i lösningar
- Modellering av enzymatisk katalys
Efter fullföljande av kursen förväntas studenten
- visa fördjupad kunskap och analytisk förmåga inom molekylär modellering motsvarande utbildningsnivån för kursen, samt förmåga att kritiskt granska andras arbeten inom området [LAB1,PRO1]
- visa god förmåga att förklara och analysera komplexa begrepp inom molekylär modellering utifrån relevant forskningslitteratur, samt på ett pedagogiskt sätt kommunicera kunskapen skriftligt och muntligt [PRO1]
- kunna reflektera över och beskriva hur vetenskapliga frågeställningar inom områdets forskning kan bidra till hållbar samhällsutveckling [PRO1]