Hoppa till huvudinnehållet

Inför kursval

Kursen ger kunskap och färdigheter inom området molekylär modellering motsvarande forskarnivå.

Välj termin och kursomgång

Välj termin och kursomgång för att se information från rätt kursplan och kursomgång.

* Informationen tillhör Kursplan FCB3204 (HT 2021–)

Innehåll och lärandemål

Kursinnehåll

Kursens teoriavsnitt avhandlar ett antal aspekter inom molekylär modellering:

  • Grundläggande kvantkemi: Molekylorbitalteori, semiempiriska metoder
  • Grundläggande täthetsfunktionalsteori (DFT)
  • Molekylmekanik och molekyldynamik
  • Monte Carlo metoder
  • Energiminimering och potentialenergiytor
  • QM/MM metoder
  • Solvatisering och omgivningseffekter
  • Teoretiska metoder inom läkemedelskemi: dockning, proteinstruktur prediktion, QSAR
  • Simulering av kemiska reaktioner i lösningar
  • Modellering av enzymatisk katalys

Lärandemål

Efter fullföljande av kursen förväntas studenten

  • visa fördjupad kunskap och analytisk förmåga inom molekylär modellering motsvarande utbildningsnivån för kursen, samt förmåga att kritiskt granska andras arbeten inom området [LAB1,PRO1]
  • visa god förmåga att förklara och analysera komplexa begrepp inom molekylär modellering utifrån relevant forskningslitteratur, samt på ett pedagogiskt sätt kommunicera kunskapen skriftligt och muntligt [PRO1]
  • kunna reflektera över och beskriva hur vetenskapliga frågeställningar inom områdets forskning kan bidra till hållbar samhällsutveckling [PRO1]

Kursupplägg

Kursen omfattar circa 200 heltidsstudietimmar och samläses med kursen BB2280. Kursens moment omfattar föreläsningar med fördjupad läsning och reflekterande analys som ligger till grund för utformning och genomförande av ett individuellt projekt där ett forskningsproblem formuleras och studeras (PRO1, cirka 160 heltidsstudietimmar). Vidare ingår datorlaborationer (LAB1, cirka 40 heltidsstudietimmar).

Kursens praktiska innehåll innefattar datorövningar baserade på kursens ämnesfokus samt ett individuellt projekt relaterat till kursens teoretiska grunder. Projektet tar utgångspunkt i en forskningsfråga och är baserat på utvalda forskningsartiklar. Projektet måste möta de teoretiska grunderna och de färdigheter som förvärvats i datorövningarna med studentens forskningsämne som leder till ett originalarbete i form av en skriftlig rapport. Den teoretiska grunden för forskningsfrågan ska inhämtas och en projektplan ska utarbetas innan design- och implementationsfasen påbörjas.

Kurslitteratur och förberedelser

Särskild behörighet

Behörig till studier på forskarnivå

Rekommenderade förkunskaper

BB2280, eller motsvarande kunskaper från annan kurs.

Utrustning

Ingen information tillagd

Kurslitteratur

Meddelas vid kursstart.

Examination och slutförande

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

Betygsskala

P, F

Examination

  • LAB1 - Laborationer, 1,5 hp, betygsskala: P, F
  • PRO1 - Projekt, 6,0 hp, betygsskala: P, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s samordnare för funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

Betygskriterier specificeras i kurs-PM.

Övriga krav för slutbetyg

För slutbetyg krävs 90 % närvaro på föreläsningar, skriftlig kritisk reflektion för utvalda vetenskapliga artiklar inom ämnet, godkänd skriftlig projektrapport och genomförd muntlig projektpresentation (PRO1); samt närvaro på datorlaborationer och godkända laborationsrapporter (LAB1).

Möjlighet till komplettering

Ingen information tillagd

Möjlighet till plussning

Ingen information tillagd

Examinator

Profile picture Mårten Ahlquist

Etiskt förhållningssätt

  • Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
  • Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
  • Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.

Ytterligare information

Kurswebb

Ytterligare information om kursen kan hittas på kurswebben via länken nedan. Information på kurswebben kommer framöver flyttas till denna sida.

Kurswebb FCB3204

Ges av

CBH/Teoretisk kemi och biologi

Huvudområde

Ingen information tillagd

Utbildningsnivå

Forskarnivå

Påbyggnad

Ingen information tillagd

Kontaktperson

Mårten Ahlquist (ahlqui@kth.se)

Övergångsbestämmelser

Om kursen avvecklas ges studenten möjlighet att examineras på kursen under ytterligare två läsår.

Forskarkurs

Forskarkurser på CBH/Teoretisk kemi och biologi