FCB3204 Molekylär modellering 7,5 hp

Kursen omfattar circa 200 heltidsstudietimmar och samläses med kursen BB2280. Kursens moment omfattar föreläsningar med fördjupad läsning och reflekterande analys som ligger till grund för utformning och genomförande av ett individuellt projekt där ett forskningsproblem formuleras och studeras (PRO1, cirka 160 heltidsstudietimmar). Vidare ingår datorlaborationer (LAB1, cirka 40 heltidsstudietimmar).

Kursens praktiska innehåll innefattar datorövningar baserade på kursens ämnesfokus samt ett individuellt projekt relaterat till kursens teoretiska grunder. Projektet tar utgångspunkt i en forskningsfråga och är baserat på utvalda forskningsartiklar. Projektet måste möta de teoretiska grunderna och de färdigheter som förvärvats i datorövningarna med studentens forskningsämne som leder till ett originalarbete i form av en skriftlig rapport. Den teoretiska grunden för forskningsfrågan ska inhämtas och en projektplan ska utarbetas innan design- och implementationsfasen påbörjas.

Kursens teoriavsnitt avhandlar ett antal aspekter inom molekylär modellering:

• Grundläggande kvantkemi: Molekylorbitalteori, semiempiriska metoder
• Grundläggande täthetsfunktionalsteori (DFT)
• Molekylmekanik och molekyldynamik
• Monte Carlo metoder
• Energiminimering och potentialenergiytor
• QM/MM metoder
• Solvatisering och omgivningseffekter
• Teoretiska metoder inom läkemedelskemi: dockning, proteinstruktur prediktion, QSAR
• Simulering av kemiska reaktioner i lösningar
• Modellering av enzymatisk katalys

Efter fullföljande av kursen förväntas studenten

• visa fördjupad kunskap och analytisk förmåga inom molekylär modellering motsvarande utbildningsnivån för kursen, samt förmåga att kritiskt granska andras arbeten inom området [LAB1,PRO1]
• visa god förmåga att förklara och analysera komplexa begrepp inom molekylär modellering utifrån relevant forskningslitteratur, samt på ett pedagogiskt sätt kommunicera kunskapen skriftligt och muntligt [PRO1]
• kunna reflektera över och beskriva hur vetenskapliga frågeställningar inom områdets forskning kan bidra till hållbar samhällsutveckling [PRO1]

Behörig till studier på forskarnivå

BB2280, eller motsvarande kunskaper från annan kurs.

• PRO1 - Projekt, 6,0 hp, betygsskala: P, F
• LAB1 - Laborationer, 1,5 hp, betygsskala: P, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

Betygskriterier specificeras i kurs-PM.

För slutbetyg krävs 90 % närvaro på föreläsningar, skriftlig kritisk reflektion för utvalda vetenskapliga artiklar inom ämnet, godkänd skriftlig projektrapport och genomförd muntlig projektpresentation (PRO1); samt närvaro på datorlaborationer och godkända laborationsrapporter (LAB1).

Mårten Ahlquist

• Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
• Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
• Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.