FDD3009 Beräkningsaspekter på fylogeni 6,0 hp

Substitutionsmodeller och deras konstruktion.

Modeller för variation i evolutionär hastighet.

Trädrekonsiliering och modeller för duplikation och förlust av gener.

inferensmetoder som ML och MCMC

Inferensverktyg som exv MrBayes och RevBayes.

Det övergripande målet är att ge grundläggande kunskaper i modellering av evolition.

Efter Fullföljd kurs ska du:

- känna till viktiga evolutionära modeller för substitutioner, duplkationer/förluster, intensitetsförändringar, mm.

- tilläpma dessa modeller på verkliga data med populära verktyg

- förstå interferensmetoder som används till fylogenetiska problem

- Kunna anpassa kända modeller till nya problem

Artiklar

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

Lars Arvestad

• Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
• Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
• Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.