BB2490 Analys av data från storskaliga molekylärbiologiska experiment 7,5 hp

Analysis of Data from High-throughput Molecular Biology Experiments

Detta är en fortsättningskurs i bioinformatik. Kursen innehåller grunderna för bioinformatisk analys av genomik- och proteomikdata från storskaliga experiment (särskilt DNA-sekvensning och masspektrometri). Kursen riktar sig huvudsakligen till studenter på mastersprogrammen i Medicinsk bioteknologi och i Industriell & miljöinriktad bioteknologi. Kursen består av föreläsningar och datorbaserade laborationer.

  • Utbildningsnivå

    Avancerad nivå
  • Huvudområde

    Bioteknik
  • Betygsskala

    A, B, C, D, E, FX, F

Kurstillfällen/kursomgångar

HT18 för programstuderande

HT18 Doktorand för fristående studerande

  • Perioder

    HT18 P2 (7,5 hp)

  • Anmälningskod

    10196

  • Kursen startar

    2018-10-29

  • Kursen slutar

    2019-01-14

  • Undervisningsspråk

    Engelska

  • Studielokalisering

    AlbaNova

  • Undervisningstid

    Dagtid

  • Undervisningsform

    Normal

  • Antal platser *

    Max. 1

    *) Vid fler sökande än platser kommer urval att ske.

  • Kursansvarig

    Lukas Käll <lukask@kth.se>

  • Lärare

    Lars Arvestad <arve@kth.se>

    Lukas Käll <lukask@kth.se>

    Olof Emanuelsson <olofem@kth.se>

  • Målgrupp

    För doktorander på KTH

Lärandemål

Detta är en fortsättningskurs i bioinformatik. Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • beskrivade viktigaste storskaliga experimentella teknikerna som används för att undersöka DNA-, RNA- och proteininnehållet i en cell, vävnad eller organism.
  • förklara teorin bakom aktuella verktyg/algoritmer för behandling av data från storskaliga molekylärbiologiska experiment.
  • välja lämpliga metoder och verktyg för att analysera data från storskaliga molekylärbiologiska experiment.
  • Använda verktyg för att analysera data från storskaliga molekylärbiologiska experiment
  • tolka resultaten av dataanalyserna i ett biologiskt eller medicinskt relevant sammanhang
  • reflektera över valet av metoder och verktyg och hur det påverkar resultatet av analyserna

Kursens huvudsakliga innehåll

Kursen innehåller den grundläggande teorin för, samt användningen av, bioinformatisk analys av genomik- och proteomikdata från storskaliga experiment – särskilt data från DNA-sekvensning och proteinmasspektrometri: hur denna teori är implementerad i de aktuella verktygen för att hantera, analysera och visualisera data; hur dessa verktyg kan användas med verkliga storskaliga molekylärbiologiska data; och hur resultatet av analyserna kan tolkas i ett biologiskt eller medicinskt relevant sammanhang.

Kursen består av föreläsningar, studentledda presentationer, datorbaserade laborationer samt ett projekt.

Kursen riktar sig huvudsakligen till studenter på civilingenjörsprogrammet i bioteknologi och mastersprogrammen i Medicinsk bioteknologi och Molekylära tekniker inom livsvetenskaperna.

Behörighet

För programstudenter vid KTH krävs:
Minst 150 högskolepoäng från årskurs 1, 2 och 3 varav minst 100 högskolepoäng från årskurs 1 och 2 samt kandidatexamensarbete måste vara avklarade. I de 150 poängen skall ingå avklarade kurser motsvarande minst 20 hp matematik, numeriska metoder, data, varav minst 5 hp utgörs av numeriska metoder och data, 20 hp kemi där även kurs i kemisk mätteknik kan ingå samt 20 hp bioteknik eller molekylärbiologi

För fristående studerande krävs:
Totalt 20 högskolepoäng (hp) inom biokemi, mikrobiologi och genetik/molekylärbiologi. 30 högskolepoäng (hp) kemi, samt totalt 20 högskolepoäng (hp) inom matematik och programmering, samt bioinformatik 3,5 högskolepoäng (hp) och statistik 3,5 högskolepoäng (hp) eller motsvarande, samt dokumenterade kunskaper i engelska motsvarande Engelska B

Rekommenderade förkunskaper

Följande kurser, eller motsvarande, rekommenderas: Bioinformatik och grundläggande sannolikhetsteori motsvarande BB2440 Bioinformatik och biostatistik, (eller bioinformatik motsvarande DD2396 Bioinformatik samt sannolikhetsteori motsvarande SF1901 Sannolikhetsteori och statistik). Datorvana motsvarande kursen DD2397 Tillämpad bioinformatik.

Litteratur

Vetenskapliga artiklar och webbresurser som delas ut under kursen. Alla föreläsningsbilder.  

Examination

  • LABA - Datorlaboration, 1,5, betygsskala: P, F
  • PRO1 - Projekt, 6,0, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Inga hjälpmedel är tillåtna utom de som specificeras i kurs-PM.

Krav för slutbetyg

Slutbetyget på kursen bestäms av betyget på projektet (PRO1, betygsskala A-F). Godkänt betyg (P) på LABA krävs också. Det finns moment i kursen som har obligatorisk närvaro.

Ges av

CBH/Genteknologi

Examinator

Lukas Käll <lukask@kth.se>

Övrig information

Anmälan senast två veckor innan tentamen är obligatorisk.

Kursen ges under förutsättning att minst sju studenter tackar ja till erbjuden plats.

Versionsinformation

Kursplan gäller från och med VT2016.
Examinationsinformation gäller från och med VT2019.