BB2490 Analys av data från storskaliga molekylärbiologiska experiment 7,5 hp

Analysis of Data from High-throughput Molecular Biology Experiments

Detta är en fortsättningskurs i bioinformatik. Kursen innehåller grunderna för bioinformatisk analys av genomik- och proteomikdata från storskaliga experiment (särskilt DNA-sekvensning och masspektrometri). Kursen riktar sig huvudsakligen till studenter på mastersprogrammen i Medicinsk bioteknologi och i Industriell & miljöinriktad bioteknologi. Kursen består av föreläsningar och datorbaserade laborationer.

Kursomgång och genomförande

Kursomgångar saknas för tidigare och kommande terminer, samt för innevarande termin.

Kursinformation

Innehåll och lärandemål

Kursinnehåll *

Kursen innehåller den grundläggande teorin för, samt användningen av, bioinformatisk analys av genomik- och proteomikdata från storskaliga experiment – särskilt data från DNA-sekvensning och proteinmasspektrometri: hur denna teori är implementerad i de aktuella verktygen för att hantera, analysera och visualisera data; hur dessa verktyg kan användas med verkliga storskaliga molekylärbiologiska data; och hur resultatet av analyserna kan tolkas i ett biologiskt eller medicinskt relevant sammanhang.

Kursen består av föreläsningar, studentledda presentationer, datorbaserade laborationer samt ett projekt.

Kursen riktar sig huvudsakligen till studenter på civilingenjörsprogrammet i bioteknologi och mastersprogrammen i Medicinsk bioteknologi och Molekylära tekniker inom livsvetenskaperna.

Lärandemål *

Detta är en fortsättningskurs i bioinformatik. Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  • beskrivade viktigaste storskaliga experimentella teknikerna som används för att undersöka DNA-, RNA- och proteininnehållet i en cell, vävnad eller organism.
  • förklara teorin bakom aktuella verktyg/algoritmer för behandling av data från storskaliga molekylärbiologiska experiment.
  • välja lämpliga metoder och verktyg för att analysera data från storskaliga molekylärbiologiska experiment.
  • Använda verktyg för att analysera data från storskaliga molekylärbiologiska experiment
  • tolka resultaten av dataanalyserna i ett biologiskt eller medicinskt relevant sammanhang
  • reflektera över valet av metoder och verktyg och hur det påverkar resultatet av analyserna

Kursupplägg

Ingen information tillagd

Kurslitteratur och förberedelser

Särskild behörighet *

För programstudenter vid KTH krävs:
Minst 150 högskolepoäng från årskurs 1, 2 och 3 varav minst 100 högskolepoäng från årskurs 1 och 2 samt kandidatexamensarbete måste vara avklarade. I de 150 poängen skall ingå avklarade kurser motsvarande minst 20 hp matematik, numeriska metoder, data, varav minst 5 hp utgörs av numeriska metoder och data, 20 hp kemi där även kurs i kemisk mätteknik kan ingå samt 20 hp bioteknik eller molekylärbiologi

För fristående studerande krävs:
Totalt 20 högskolepoäng (hp) inom biokemi, mikrobiologi och genetik/molekylärbiologi. 30 högskolepoäng (hp) kemi, samt totalt 20 högskolepoäng (hp) inom matematik och programmering, samt bioinformatik 3,5 högskolepoäng (hp) och statistik 3,5 högskolepoäng (hp) eller motsvarande, samt dokumenterade kunskaper i engelska motsvarande Engelska B

Rekommenderade förkunskaper

Följande kurser, eller motsvarande, rekommenderas: Bioinformatik och grundläggande sannolikhetsteori motsvarande BB2440 Bioinformatik och biostatistik, (eller bioinformatik motsvarande DD2396 Bioinformatik samt sannolikhetsteori motsvarande SF1901 Sannolikhetsteori och statistik). Datorvana motsvarande kursen DD2397 Tillämpad bioinformatik.

Utrustning

Ingen information tillagd

Kurslitteratur

Vetenskapliga artiklar och webbresurser som delas ut under kursen. Alla föreläsningsbilder.  

Examination och slutförande

Betygsskala *

A, B, C, D, E, FX, F

Examination *

  • LABA - Datorlaboration, 1,5 hp, betygsskala: P, F
  • PRO1 - Projekt, 6,0 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s samordnare för funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

Inga hjälpmedel är tillåtna utom de som specificeras i kurs-PM.

Övriga krav för slutbetyg *

Slutbetyget på kursen bestäms av betyget på projektet (PRO1, betygsskala A-F). Godkänt betyg (P) på LABA krävs också. Det finns moment i kursen som har obligatorisk närvaro.

Möjlighet till komplettering

Ingen information tillagd

Möjlighet till plussning

Ingen information tillagd

Examinator

Lukas Käll

Ytterligare information

Kurswebb

Ytterligare information om kursen kan hittas på kurswebben via länken nedan. Information på kurswebben kommer framöver flyttas till denna sida.

Kurswebb BB2490

Ges av

CBH/Genteknologi

Huvudområde *

Bioteknik

Utbildningsnivå *

Avancerad nivå

Påbyggnad

Ingen information tillagd

Etiskt förhållningssätt *

  • Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
  • Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
  • Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.

Övrig information

Anmälan senast två veckor innan tentamen är obligatorisk.

Kursen ges under förutsättning att minst sju studenter tackar ja till erbjuden plats.