CB204V Singelcell och spatiell transkriptomik-dataanalys 2,5 hp

Kursen består av föreläsningar och datorlabb. Föreläsningarna fokuserar på teoretiska aspekter av encellig och rumslig transkriptomisk analys. Datorlabb fokuserar på praktiska aspekter av båda ämnena. Specifikt innehåll i föreläsningarna:

• reproducerbarhet om dataanalys
• transkriptionell sprängning
• arbetsflöde för singelcellsanalys 
• arbetsflöde för spatiell transkriptomisk analys

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

• bedöma skillnader mellan en single-cell och spatiell transkriptomisk analys
• diskutera för- och nackdelar med båda typerna av analyser
• utföra ett allmänt analysarbetsflöde av single-cell och spatiell transkriptomiska data

Kurser i cellbiologi, biokemi, mikrobiologi, genteknik eller molekylärbiologi 20 hp, 6hp matematik och engelska B/6.

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

• LAB1 - Jobbar i R, 0,5 hp, betygsskala: P, F
• LAB2 - Single-cell analys, 1,0 hp, betygsskala: P, F
• LAB3 - Spatiell analys, 1,0 hp, betygsskala: P, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

Närvaro vid datorlaboration är obligatorisk såväl som vid föreläsningar.

Afshin Ahmadian

• Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
• Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
• Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.

Överlappar delvis med BB2250.