CB207V Analys av mRNA-seq, ChIP-seq och ATAC-seq data 7,5 hp

• Introduktion till molekylär genomik - Genomik, epigenomik, kromatinanalyser.
• Introduktion till RNA-biologi - RNA-arter och deras analys.
• Genomets reglerare – Enzymer, transkriptionsfaktorer, polymeraser, helikaser.
• Biokemin av sekvenseringstekniker - från molekyler till sekvenseringsbibliotek.
• Sekvensering - Adaptorer, UMIs, klustrar, sekvensering-via-syntes.
• Genomiska koordinater - från rådata till densitetsprofiler och koordinater.
• Bioinformatiska grunder – Kort introduktion till shell och R.
• ChIP-seq och ATAC-seq - Protein-DNA-interaktioner och kromatinets tillstånd.
• MEME-ChIP – Identifiering av DNA-sekvenser som binds av proteiner.
• mRNA-seq – Kvantifiering av genuttryck via mätning av mRNA-nivåer.
• DESeq2 och Gene Ontology – Statistiska analyser av gener och gengrupper.
• Integrering av genomiska data – Kombinering och visualisering av data. 
• Tillgänglighet av data och kod - GEO, SRA, ENCODE, GitHub.
• Utmaningar och möjligheter - Normalisering, resolution, renhet. Maskininlärning inom genomik.

Efter godkänt kurs ska studenterna kunna:

• Beskriva koncepten genomik och epigenomik. 
• Förstå hur olika kromatireglerare styr genomet och dess organisation.
• Identifiera genomets funktionella regioner. 
• Förklara hur histonmodifieringar och kromatinorganisation styr DNA-syntes och RNA-syntes. 
• Nedladda ChIP-seq, mRNA-seq och ATAC-seq data från ENCODE.
• Förstå sekvenseringstekniker från biokemi till data-analys. 
• Kartlägga kromatinets öppna regioner och proteiners bindningställen.
• Analysera mRNA-nivåer och utföra statistiska analyser av genuttyck.
• Utföra ‘gene ontology’ analyser och undersöka transkriptionella responser.
• Diskutera hur maskininlärning kan integreras i genomiska analyser. 

BSc eller liknande kompetens inom cellbiologi, molekylärbiologi, genomik, bioteknologi eller bio(medicinska)vetenskaper. Goda kunskaper i engelska (English B) krävs. 

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

• DEL1 - 80% närvaro och utförda uppgifter, 4,0 hp, betygsskala: P, F
• PRO1 - Utfört projektarbete, 2,5 hp, betygsskala: P, F
• SEM1 - Grupparbete och presentation under seminarietillfället, 1,0 hp, betygsskala: P, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

Anniina Vihervaara

• Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
• Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
• Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.