CB207V Analys av mRNA-seq, ChIP-seq och ATAC-seq data 7,5 hp

Preliminär schema och kursinfo finns här: https://tinyurl.com/CB207V-2025

• Introduktion till molekylär genomik - Genomik, epigenomik, kromatinanalyser.
• Introduktion till RNA-biologi - RNA-arter och deras analys.
• Genomets reglerare – Enzymer, transkriptionsfaktorer, polymeraser, helikaser.
• Biokemin av sekvenseringstekniker - från molekyler till sekvenseringsbibliotek.
• Sekvensering - Adaptorer, UMIs, klustrar, sekvensering-via-syntes.
• Genomiska koordinater - från rådata till densitetsprofiler och koordinater.
• Bioinformatiska grunder – Kort introduktion till shell och R.
• ChIP-seq och ATAC-seq - Protein-DNA-interaktioner och kromatinets tillstånd.
• MEME-ChIP – Identifiering av DNA-sekvenser som binds av proteiner.
• mRNA-seq – Kvantifiering av genuttryck via mätning av mRNA-nivåer.
• DESeq2 och Gene Ontology – Statistiska analyser av gener och gengrupper.
• Integrering av genomiska data – Kombinering och visualisering av data. 
• Tillgänglighet av data och kod - GEO, SRA, ENCODE, GitHub.
• Utmaningar och möjligheter - Normalisering, resolution, renhet. Maskininlärning inom genomik.

Efter godkänt kurs ska studenterna kunna:

• Beskriva koncepten genomik och epigenomik. 
• Förstå hur olika kromatireglerare styr genomet och dess organisation.
• Identifiera genomets funktionella regioner. 
• Förklara hur histonmodifieringar och kromatinorganisation styr DNA-syntes och RNA-syntes. 
• Nedladda ChIP-seq, mRNA-seq och ATAC-seq data från ENCODE.
• Förstå sekvenseringstekniker från biokemi till data-analys. 
• Kartlägga kromatinets öppna regioner och proteiners bindningställen.
• Analysera mRNA-nivåer och utföra statistiska analyser av genuttyck.
• Utföra ‘gene ontology’ analyser och undersöka transkriptionella responser.
• Diskutera hur maskininlärning kan integreras i genomiska analyser.

Avklarat examensarbete med minst 15hp, och 7,5 hp studier inom cellbiologi, molekylärbiologi, genomik, bioteknologi eller bio(medicinska)vetenskaper. Engelska B/6.

• DEL1 - 80% närvaro och utförda uppgifter, 4,0 hp, betygsskala: P, F
• SEM1 - Grupparbete och presentation under seminarietillfället, 1,0 hp, betygsskala: P, F
• PRO1 - Utfört projektarbete, 2,5 hp, betygsskala: P, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

Anniina Vihervaara

• Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
• Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
• Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.