DD2397 Tillämpad bioinformatik 7,5 hp

Efter fullföljd kurs ska du kunna

• strukturera information för effektiv datorbaserad lagring och analys
• använda relationsdatabaser
• skapa egna relationsdatabaser
• använda ett skriptspråk för att lösa vardagliga bioinformatikproblem
• använda viktiga kodbibliotek i området för att snabbare hitta lösningar på jobbiga programmeringsproblem.

De ämnen som kursen tar upp har många användningsområden, men vi kommer att fokusera på tillämpningar inom bioinformatiken.

Inom molekylärbiologin har bioinformatik blivit ett viktigt verktyg för att kunna hantera och dra nytta av de stora mängder värdefulla data som produceras. Datoriserad analys har en roll som både ett stöd för laborativa projekt och ett sätt att extrahera kunskap från befintliga datamängder. Den snabbt ökande mängden information gör dock att det ställs nya krav på att automatisera och göra analyser storskaliga. Den här kursen syftar till att introducera tekniker för att möta denna utmaning.

För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.

För programstudenter: en programmeringskurs (2D1310/DD1310, 2D1321/DD1321 eller 2D1322/DD1322).

Kurslitteratur meddelas senast 4 veckor före kursstart på kursens hemsida.

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

• LAB1 - Laborationer, 4,5 hp, betygsskala: P, F
• PRO1 - Projekt, 3,0 hp, betygsskala: P, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.

Laborationer (LAB1, 4,5 hp)
Projekt (PRO1, 3 hp)

Lars Arvestad

• Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
• Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
• Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.

DD2399 Omikdata och systembiologi

Kursen ersätts från höstterminen 2012 av kursen DD2404 med samma namn.