Hoppa till huvudinnehållet

DD2397 Tillämpad bioinformatik 7,5 hp

Kursomgångar saknas för tidigare och kommande terminer, samt för innevarande termin.
Rubriker med innehåll från kursplan DD2397 (HT 2009–) är markerade med en asterisk ( )

Innehåll och lärandemål

Kursinnehåll

Efter fullföljd kurs ska du kunna

  • strukturera information för effektiv datorbaserad lagring och analys
  • använda relationsdatabaser
  • skapa egna relationsdatabaser
  • använda ett skriptspråk för att lösa vardagliga bioinformatikproblem
  • använda viktiga kodbibliotek i området för att snabbare hitta lösningar på jobbiga programmeringsproblem.

De ämnen som kursen tar upp har många användningsområden, men vi kommer att fokusera på tillämpningar inom bioinformatiken.

Lärandemål

Inom molekylärbiologin har bioinformatik blivit ett viktigt verktyg för att kunna hantera och dra nytta av de stora mängder värdefulla data som produceras. Datoriserad analys har en roll som både ett stöd för laborativa projekt och ett sätt att extrahera kunskap från befintliga datamängder. Den snabbt ökande mängden information gör dock att det ställs nya krav på att automatisera och göra analyser storskaliga. Den här kursen syftar till att introducera tekniker för att möta denna utmaning.

Kursupplägg

Ingen information tillagd

Kurslitteratur och förberedelser

Särskild behörighet

För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.

Rekommenderade förkunskaper

För programstudenter: en programmeringskurs (2D1310/DD1310, 2D1321/DD1321 eller 2D1322/DD1322).

Utrustning

Ingen information tillagd

Kurslitteratur

Kurslitteratur meddelas senast 4 veckor före kursstart på kursens hemsida.

Examination och slutförande

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

Betygsskala

P, F

Examination

  • LAB1 - Laborationer, 4,5 hp, betygsskala: P, F
  • PRO1 - Projekt, 3,0 hp, betygsskala: P, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s samordnare för funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.

Övriga krav för slutbetyg

Laborationer (LAB1, 4,5 hp)
Projekt (PRO1, 3 hp)

Möjlighet till komplettering

Ingen information tillagd

Möjlighet till plussning

Ingen information tillagd

Examinator

Profile picture Lars Arvestad

Etiskt förhållningssätt

  • Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
  • Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
  • Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.

Ytterligare information

Kurswebb

Ytterligare information om kursen kan hittas på kurswebben via länken nedan. Information på kurswebben kommer framöver flyttas till denna sida.

Kurswebb DD2397

Ges av

CSC/Datalogi

Huvudområde

Bioteknik, Datalogi och datateknik

Utbildningsnivå

Avancerad nivå

Påbyggnad

DD2399 Omikdata och systembiologi

Kontaktperson

Lars Arvestad, tel: 5537 8465, e-post: arve@kth.se

Övrig information

Kursen ersätts från höstterminen 2012 av kursen DD2404 med samma namn.