Hoppa till huvudinnehållet

DD2399 Omikdata och systembiologi 7,5 hp

Advanced course in computer science focusing on the analysis of high troughput omics data (i.e., genomic, transcriptomic, and proteomic data).

Kursomgångar saknas för tidigare och kommande terminer, samt för innevarande termin.
Rubriker med innehåll från kursplan DD2399 (VT 2013–) är markerade med en asterisk ( )

Innehåll och lärandemål

Kursinnehåll

Beskrivning av klassiska och moderna metoder ("high-troughput") för att sekvensera DNA och analysera proteiner med hjälp av masspektrometri. Metoder för sammansättning av modeller av genom och gener från DNA-data. Placering av korta DNA-läsningar på ett genom för vidare analys av genomvariation och genstruktur. Tekniker för analys av geners struktur och aktivitet. Identifiering och kvantifiering av proteiner givet masspektrometridata.

Lärandemål

Efter fullföljd kurs ska du kunna

  • diskutera modern dataproduktion med molekylärbiologer
  • känna till offentliga databaser tillräckligt väl för att kunna avgöra ett projekts genomförbarhet
  • använda populära datorverktyg för omikdata samt förklara och diskutera deras relativa fördelar
  • ge intuitiva förklaringar av algoritmer och metoder för analys av omikdata och, med hjälp av litteraturen, implementera dessa.

Kursupplägg

Ingen information tillagd

Kurslitteratur och förberedelser

Särskild behörighet

För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.

Rekommenderade förkunskaper

Bioinformatik motsvarande DD2397/DD2404 Tillämpad bioinformatik. Datalogi motsvarande DD1339/DD1340/DD1341 Introduktion till datalogi eller DD1320/DD1321 Tillämpad datalogi.
Sannolikhetslära motsvarande SF1901 Sannolikhetsteori och statistik.

Utrustning

Ingen information tillagd

Kurslitteratur

Anges på kursens webbsida senast 4 veckor innan kursstart.

Examination och slutförande

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

Betygsskala

A, B, C, D, E, FX, F

Examination

  • LAB1 - Laborationer, 7,5 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s samordnare för funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.

Övriga krav för slutbetyg

Three laborations.

Möjlighet till komplettering

Ingen information tillagd

Möjlighet till plussning

Ingen information tillagd

Examinator

Profile picture Lars Arvestad

Etiskt förhållningssätt

  • Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
  • Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
  • Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.

Ytterligare information

Kurswebb

Ytterligare information om kursen kan hittas på kurswebben via länken nedan. Information på kurswebben kommer framöver flyttas till denna sida.

Kurswebb DD2399

Ges av

CSC/Datalogi

Huvudområde

Bioteknik, Datalogi och datateknik

Utbildningsnivå

Avancerad nivå

Påbyggnad

Please discuss with the instructor.

Kontaktperson

Lars Arvestad, e-post: arve@kth.se