DD2404 Tillämpad bioinformatik 7,5 hp

Applied Bioinformatics

Inom molekylärbiologin har bioinformatik blivit ett viktigt verktyg för att kunna hantera och dra nytta av de stora mängder värdefulla data som produceras. Datoriserad analys har en roll som både ett stöd för laborativa projekt och ett sätt att extrahera kunskap från befintliga datamängder. Den snabbt ökande mängden information gör dock att det ställs nya krav på att automatisera och göra analyser storskaliga. Den här kursen syftar till att introducera tekniker för att möta denna utmaning.

  • Utbildningsnivå

    Avancerad nivå
  • Huvudområde

    Bioteknik
    Datalogi och datateknik
    Informations- och kommunikationsteknik
    Informationsteknik
  • Betygsskala

    A, B, C, D, E, FX, F

Kurstillfällen/kursomgångar

HT18 appbio18 för programstuderande

Lärandemål

Efter fullföljd kurs ska du kunna

  • strukturera information för effektiv datorbaserad lagring och analys
  • använda relationsdatabaser
  • skapa egna relationsdatabaser
  • använda ett skriptspråk för att lösa vardagliga bioinformatikproblem
  • använda viktiga kodbibliotek i området för att snabbare hitta lösningar på jobbiga programmeringsproblem.

Kursens huvudsakliga innehåll

Att arbeta i Unix. Snabb introduktion av Python. God praxis för vetenskaplig programmering. Viktiga moduler för vetenskaplig programmering.

Terminologi och metoder i Bioinformatik. Datakällor för Bioinformatik. Databaser och grundläggande SQL.

De ämnen som kursen tar upp har många användningsområden, men vi kommer att fokusera på tillämpningar inom bioinformatiken.

Behörighet

För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.

Rekommenderade förkunskaper

För programstudenter: en programmeringskurs (exv DD1310, DD1321 eller DD1322).

Litteratur

Kurslitteratur meddelas senast 4 veckor före kursstart på kursens hemsida.

Examination

  • LAB1 - Laborationer, 4,5, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F
  • PRO1 - Projekt, 3,0, betygsskala: P, F

I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.

Ges av

EECS/Intelligenta system

Kontaktperson

Lars Arvestad, e-post: arve@kth.se

Examinator

Arvind Kumar <arvkumar@kth.se>

Övrig information

Denna kurs ersätter DD2397 med samma namn från och med höstterminen 2012.

Påbyggnad

DD2399 Omikdata och systembiologi

Versionsinformation

Kursplan gäller från och med HT2012.
Examinationsinformation gäller från och med VT2019.