BB2491 Analys av data från storskaliga molekylärbiologiska experiment 7,0 hp

Analysis of Data from High-Throughput Molecular Biology Experiments

OBS!

Informationen nedan baseras på en kursplan som ännu inte har börjat gälla.

  • Utbildningsnivå

    Avancerad nivå
  • Kursnivå (A-D)

  • Huvudområde

    Bioteknik
  • Betygsskala

    A, B, C, D, E, FX, F

Kurstillfällen/kursomgångar

HT17 TMTLM för programstuderande

  • Perioder

    HT17 P2 (7,0 hp)

  • Anmälningskod

    50463

  • Kursen startar

    2017 vecka: 44

  • Kursen slutar

    2018 vecka: 3

  • Undervisningsspråk

    Engelska

  • Campus

    AlbaNova

  • Antal föreläsningar

    11 (preliminärt)

  • Antal övningar

  • Undervisningstid

    Dagtid

  • Undervisningsform

    Normal

  • Antal platser *

    Min. 7

    *) Kurstillfället kan komma att ställas in om antalet antagna understiger minimiantalet platser.

  • Schema

    Schema (nytt fönster)

  • Kursansvarig

    Lukas Käll <lukask@kth.se>

  • Lärare

    Olof Emanuelsson <olofem@kth.se>

HT16 TMTLM för programstuderande

  • Perioder

    HT16 P2 (7,0 hp)

  • Anmälningskod

    50067

  • Kursen startar

    2016 vecka: 44

  • Kursen slutar

    2017 vecka: 3

  • Undervisningsspråk

    Engelska

  • Campus

    AlbaNova

  • Antal föreläsningar

    11 (preliminärt)

  • Antal övningar

  • Undervisningstid

    Dagtid

  • Undervisningsform

    Normal

  • Antal platser *

    Min. 7

    *) Kurstillfället kan komma att ställas in om antalet antagna understiger minimiantalet platser.

  • Schema

    Schema (nytt fönster)

  • Kursansvarig

    Lukas Käll <lukask@kth.se>

  • Lärare

    Olof Emanuelsson <olofem@kth.se>

Lärandemål

Efter godkänd kurs ska studenten kunna:

  1. beskriva de viktigaste storskaliga experimentella teknikerna som används för att undersöka DNA-, RNA- och proteininnehållet i en cell, vävnad eller organism.
  2. förklara teorin bakom aktuella verktyg/algoritmer för behandling av data från storskaliga molekylärbiologiska experiment.
  3. välja lämpliga metoder och verktyg för att analysera data från storskaliga molekylärbiologiska experiment.
  4. använda verktyg för att analysera data från storskaliga molekylärbiologiska experiment.
  5. tolka resultaten av dataanalyserna i ett biologiskt eller medicinskt relevant sammanhang.
  6. reflektera över valet av metoder och verktyg och hur det påverkar resultatet av analyserna.

Kursens huvudsakliga innehåll

Kursen innehåller den grundläggande teorin för, samt användningen av, bioinformatisk analys av genomik- och proteomikdata från storskaliga experiment – särskilt data från DNA-sekvensning och proteinmasspektrometri: hur denna teori är implementerad i de aktuella verktygen för att hantera, analysera och visualisera data; hur dessa verktyg kan användas med verkliga storskaliga molekylärbiologiska data; och hur resultatet av analyserna kan tolkas i ett biologiskt eller medicinskt relevant sammanhang.

Behörighet

För programstudenter vid KTH krävs:
Minst 150 högskolepoäng från årskurs 1, 2 och 3 varav minst 100 högskolepoäng från årskurs 1 och 2 samt kandidatexamensarbete måste vara avklarade. I de 150 poängen skall ingå avklarade kurser motsvarande minst 20 hp matematik, numeriska metoder, data, varav minst 5 hp utgörs av numeriska metoder och data, 20 hp kemi där även kurs i kemisk mätteknik kan ingå samt 20 hp bioteknik eller molekylärbiologi

För fristående studerande krävs:
Totalt 20 högskolepoäng (hp) inom livsvetenskapskurser (t ex biokemi, mikrobiologi, genetik/molekylärbiologi). 10 högskolepoäng (hp) inom matematik, samt bioinformatik 3,5 högskolepoäng (hp), samt dokumenterade kunskaper i engelska motsvarande Engelska B.

.

Rekommenderade förkunskaper

Följande kurser, eller motsvarande, rekommenderas: Bioinformatik och grundläggande statistik motsvarande BB2440 Bioinformatik och biostatistik samt sannolikhetsteori och statistik motsvarande SF1901 Sannolikhetsteori och statistik. Datorvana motsvarande DD2404 Tillämpad bioinformatik.

Litteratur

Vetenskapliga artiklar och webbresurser som delas ut under kursen. Alla föreläsningsbilder.  

Examination

  • LAB1 - Datorlaboration, 1,0, betygsskala: P, F
  • PRO2 - Projekt, 6,0, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Inga hjälpmedel är tillåtna utom de som specificeras i kurs-PM.

Krav för slutbetyg

Slutbetyget på kursen bestäms av betyget på projektet (PRO2, betygsskala A-F) och dataövningar (LAB1, betygskala P-F). Det finns moment i kursen som har obligatorisk närvaro.

Ges av

BIO/Bioteknologi - gru

Examinator

Lukas Käll <lukask@kth.se>

Versionsinformation

Kursplan giltig från och med HT2017.
Examinationsinformation giltig från och med HT2017.