CB2040 Tillämpad genteknologi och storskalig dataanalys 7,5 hp

Applied gene technology and large-scale data analysis

Visa kursinformation utifrån vald termin och kursomgång:

Kursomgång och genomförande

Ingen kursomgång är vald

Välj termin och kursomgång ovan för att få information från rätt kursplan och kursomgång.

Kursinformation

Innehåll och lärandemål

Kursinnehåll *

Kursen syftar till att ge en detaljerad inblick i tekniker och trender inom genomik och transkriptomik, DNA-assisterad proteomik och storskalig dataanalys inom genomik och transkriptomik. Kursens fokus kommer således att vara att beskriva, tillämpa och relatera state-of-the-art tekniker och storskalig dataanalys. Detta kommer att bygga upp de nödvändiga grunderna för vidare förståelse av genetiska associationsstudier, rättsmedicin, populationsgenetik, diagnostik, medicin och läkemedelsutveckling.

Kursen kommer att beskriva konventionella strategier för genomsekvensering, olika metoder för storskalig genotypning av genetiska variationer, avancerade tekniker och plattformar för DNA-sekvensering vilka inkluderar helgenomsekvensering, RNA-seq, och transkriptomprofilering på singelcellnivå.

Kursen inkluderar också ett antal föreläsningar, samt datorbaserade laboratorieövningar, med syfte att förstå och analysera data från genomsekvensering, RNA-seq och singelcell RNA-seq (scRNA-seq).

Studenterna deltar dessutom i ett litteraturprojekt som ska genomföras i grupper. Varje grupp presenterar vetenskapliga artiklar och kommer att opponera på andra gruppers artiklar. Detta projekt syftar till att lära ut kritisk läsning, tolkning och jämförelse av de mest avancerade teknikerna och plattformarna inom storskalig molekylärbiologi. Projektet kräver samarbete och planering, samt deltagande i grupparbetet. Närvaro när projektet presenteras är obligatoriskt.

Lärandemål *

fter genomgången kurs skall studenterna kunna:

  • Beskriva, illustrera och tillämpa olika tekniker inom fälten för genomik och transkriptomik
  • Beskriva, illustrera och tillämpa olika tekniker för storskaliga molekylärbiologiska studier
  • Rapportera muntligt och skriftligt inom ämnet
  • Granska och ge konstruktiv återkoppling på andras rapporter inom ämnet
  • Beskriva teorin bakom state-of-the-art verktyg/algoritmer för att processa data från storskaliga molekylärbiologiska experiment
  • Välja och använda lämpliga metoder och verktyg för att processa data från storskaliga molekylärbiologiska experiment

Kursupplägg

Ingen information tillagd

Kurslitteratur och förberedelser

Särskild behörighet *

Ingen information tillagd

Rekommenderade förkunskaper

Ingen information tillagd

Utrustning

Ingen information tillagd

Kurslitteratur

Ingen information tillagd

Examination och slutförande

Betygsskala *

A, B, C, D, E, FX, F

Examination *

  • LAB1 - Datorlaboration, 2,5 hp, betygsskala: P, F
  • PRO1 - Litteraturseminarium, 1,0 hp, betygsskala: P, F
  • TEN1 - Skriftlig tentamen, 4,0 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s samordnare för funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

Möjlighet till komplettering

Ingen information tillagd

Möjlighet till plussning

Ingen information tillagd

Examinator

Patrik Ståhl

Ytterligare information

Kurswebb

Ytterligare information om kursen kan hittas på kurswebben via länken nedan. Information på kurswebben kommer framöver flyttas till denna sida.

Kurswebb CB2040

Ges av

CBH/Genteknologi

Huvudområde *

Molekylära livsvetenskaper

Utbildningsnivå *

Avancerad nivå

Påbyggnad

Ingen information tillagd

Etiskt förhållningssätt *

  • Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
  • Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
  • Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.

Övrig information

Ersätter kursen BB2472