DD2435 Neuronnäts- och biomodellering 9,0 hp

Mathematical Modelling of Biological Systems

Kursen behandlar matematisk modellering och datorsimulering av nervceller och nervcellsnät samt av andra fysiologiska och biokemiska strukturer och processer.

Visa kursinformation utifrån vald termin och kursomgång:

Kursomgång och genomförande

Ingen kursomgång är vald

Välj termin och kursomgång ovan för att få information från rätt kursplan och kursomgång.

Kursinformation

Innehåll och lärandemål

Kursinnehåll *

Metoder för matematisk modellering och datorsimulering av biologiska processer och funktioner. I första hand behandlas nervsystemet (nervceller och nervcellsnät), men också andra organsystem tas upp. Intracellulära processer såsom biokemiska nätverk, enzymkinetik och cellsignalering, genetiska nätverk och switchar behandlas liksom biologisk morfogenes och några aktuella teorier för biologisk perception, inlärning, och minne.

Lärandemål *

Efter kursen ska studenten kunna

  • förklara användningen av och antaganden bakom biofysikaliska och biokemiska modeller och metodiker
  • beräkna grundläggande biofysikaliska och biokemiska storheter inom stökiometri, jonstatik, jondynamik, diffusion och cellkompartments
  • exemplifiera användandet av kontinuerliga, stokastiska eller boolska modeller
  • förklara modeller för synapser och dess plasticitet samt för nätverk av nervceller
  • använda och vidareutveckla simuleringsprogramvara för genetiska, biokemiska och neuronala nätverk

för att studenten

  • ska kunna förklara användningen av och antaganden bakom biologiska modeller
  • i yrkeslivet ska kunna utföra biologiskt modellerings och simuleringsarbete

Kursupplägg

Ingen information tillagd

Kurslitteratur och förberedelser

Särskild behörighet *

För fristående kursstuderande krävs 90 högskolepoäng varav 45 högskolepoäng inom matematik eller informationsteknik. Dessutom krävs engelska B eller motsvarande.

Rekommenderade förkunskaper

Motsvarande de för D, E och F obligatoriska kurserna i matematik, numeriska metoder och datalogi. Därutöver rekommenderas kurserna DD2400 Cell- och molekylärbiologi samt DD2401 Neurovetenskap eller motsvarande.

Utrustning

Ingen information tillagd

Kurslitteratur

Meddelas senast 4 veckor före kursstart på kursens hemsida. Föregående läsår användes D. Johnston & S. Miao-Sin Wu: Fundamentals of cellular neurophysiology, MIT Press.

Examination och slutförande

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

Betygsskala *

A, B, C, D, E, FX, F

Examination *

  • LAB1 - Laboration, 1,5 hp, betygsskala: P, F
  • PRO2 - Projektuppgift, 3,0 hp, betygsskala: P, F
  • TEN2 - Tentamen, 4,5 hp, betygsskala: A, B, C, D, E, FX, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s samordnare för funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

I denna kurs tillämpas skolans hederskodex, se: http://www.kth.se/csc/student/hederskodex.

Övriga krav för slutbetyg *

En tentamen (TEN2, 4,5 hp).
Laborationsuppgifter (LAB1, 1,5 hp).
Projektuppgift (PRO2, 3 hp).

Möjlighet till komplettering

Ingen information tillagd

Möjlighet till plussning

Ingen information tillagd

Examinator

Erik Fransén

Arvind Kumar

Etiskt förhållningssätt *

  • Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
  • Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
  • Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.

Ytterligare information

Kurswebb

Ytterligare information om kursen kan hittas på kurswebben via länken nedan. Information på kurswebben kommer framöver flyttas till denna sida.

Kurswebb DD2435

Ges av

EECS/Intelligenta system

Huvudområde *

Datalogi och datateknik, Informations- och kommunikationsteknik, Informationsteknik

Utbildningsnivå *

Avancerad nivå

Påbyggnad

Diskuteras med kursledaren.

Kontaktperson

Alexander Kozlov (akozlov@kth.se) tel: 070 759 6583; alt - Erik Fransén (erikf@csc.kth.se) tel: 08/790 6902

Övrig information

Kursen samläses till stor del med DA7048 Modellering av cellbiologiska processer och kan ej kombineras med denna.

I denna kurs tillämpas EECS hederskodex, se:
http://www.kth.se/eecs/utbildning/hederskodex