Algoritmer för problem som alignment, fylogeni, sortering genom vändning, en introduktion till dolda Markovkedjor.
FDD3450 Algoritmisk Bioinformatik 6,0 hp
Denna kurs är avvecklad.
Sista planerade examination: VT 2022
Avvecklingsbeslut:
Ingen information tillagdInformation per kursomgång
Kursomgångar saknas för aktuella eller kommande terminer.
Kursplan som PDF
Notera: all information från kursplanen visas i tillgängligt format på denna sida.
Kursplan FDD3450 (VT 2016–)Innehåll och lärandemål
Kursinnehåll
Lärandemål
Studenten ska efter genomgången kurs kunna
• redogöra med egna ord för viktiga beräkningsproblem inom bioinformatik: parvisa sekvensjämförelser, multilinjering, sammansättning av arvsmassa, fylogeni, dolda Markovmodeller;
• implementera de algoritmer som beskrivs i kursen och hur de relaterar till varandra;
• undervisa om de algoritmer som beskrivs i kursen;
• identifiera och formalisera beräkningsproblem i biologi;
• tillämpa de grundläggande algoritmdesignmetoderna som dynamisk programmering inom bioinformatik;
• redogöra för modelleringsprinciperna parsimoni, och bayesiansk modellering;
Kurslitteratur och förberedelser
Särskild behörighet
Rekommenderade förkunskaper
DD2352 Algoritmer och komplexitet, eller motsvarande
Utrustning
Kurslitteratur
Artiklar, om inte annat meddelats innan kursstart.
Examination och slutförande
När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.
Betygsskala
Examination
Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.
Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.
Övriga krav för slutbetyg
Projekt och hemuppgifter. Presentation av forskningsresultat.
Möjlighet till komplettering
Möjlighet till plussning
Examinator
Etiskt förhållningssätt
- Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
- Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
- Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.