FSI3440 Makromolekylers konformationer 10,0 hp

Karakterisering av monomerer och makromolekyler. Konformationer. 'Slumpartade' strukturer och olika matematiska modeller för att beskriva dessa. Uteslutna volym-problemet. Flory-Huggins teori. Växelverkningar mellan närliggande atomgrupper och deras inflytande på molekylstrukturerna. Karakterisering av några olika polymerer från denna utgångspunkt. Proteiner. Aminosyrors konformationer och växelverkningar mellan närliggande grupper. Ramachandran-diagram. Några struktur-typer -spiraler, -flak. Metoder att förutsäga strukturer. Nukleinsyror, DNA, RNA. Karaktärisering av nukleotiders konformationer. Olika spiralstrukturer. Kopplingar mellan baspar. Något om polymermaterial, olika tillstånd och övergångar. Skalnings-egenskaper; dynamik baserad på skalningsidéer.

Doktoranden ska efter genomgången kurs kunna:

• tillämpa statistisk mekanik på makromolekyler.
• genomföra och inse begränsningarna med de olika approximationer som krävs för att studera polymerproblem.
• behärska tillämpning av renomeringsmetoder på polymerproblem.
• känna till olika modeller för polymerdynamik.
• tillämpa polymerfysik på biologiska makromolekyler.

Doktorand

• P.J. Flory, Statistical Mechanics of Chain Molecules, Interscience Publisher 1969.
• P.G. des Gennes, Scaling Concepts in Polymer Physics. Cornell Univ. Press, 1979.
• G.E. Schultz, R.H. Schirmer, Principles of Protein Structure, Springer, 1979.

När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

Inlämningsuppgifter i kombination med muntlig tentamen.

Berk Hess

• Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
• Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
• Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.