Kursen behandlar metoder inom avancerad molekylär dynamik (MD) för klassiska simuleringar av vätskor, polymerer och proteiner. MD-simuleringar ger atomistisk information om strukturella och dynamiska storheter, men ofta till en hög beräkningskostnad. Eftersom atomvibrationer måste tas med är tidsstegen ofta i femtosekundområdet, medan den intressanta tidsskalan för många molekyldynamiska processer ofta ligger i mikrosekund eller sekundområdet. Detta har tre huvudsakliga konsekvenser. Effektiv mjukvara och hårdvara krävs, med användning av exempelvis "stream computing" (på exempelvis GPU). Man måste alltid kontrollera att beräkningarna konvergerat. Och om konvergens inte kan nås, kan man behöva använda metoder för att förbättra provtagningen, såsom frienergiberäkningar och "coarse-graining". Dessa ämnen kommer att behandlas i föreläsningar, litteraturläsning och datorlaboratorier.
FSK3523 Avancerad molekyldynamik 5,0 hp
Kursomgångar saknas för aktuella eller kommande terminer.
Rubriker med innehåll från kursplan FSK3523 (HT 2018–) är markerade med en asterisk ( )
Innehåll och lärandemål
Kursinnehåll
Lärandemål
Efter avslutad kurs ska studenten kunna:
- sätta upp simuleringar av vätskor, polymerer och proteiner
- analysera strukturella och dynamiska egenskaper
- bedöma kvaliteten på provtagningen och vara medveten om metoder för att förbättra provtagningen
- ställa upp frienergiberäknnigar
- tillämpa systematisk "coarse-graining"
Kurslitteratur och förberedelser
Särskild behörighet
Antagen som doktorand
Rekommenderade förkunskaper
Grundkunskaper om molekyler och statistisk mekanik / termodynamik
(kursen innehåller en kort introduktion till Molekylär Dynamik och kraftfält)
Utrustning
Tillgång till en bärbar dator
Kurslitteratur
D. Frenkel & B. Smit, Understanding Molecular Simulation
H.J.C. Berendsen, Simulating the Physical World
Selected articles
Examination och slutförande
När kurs inte längre ges har student möjlighet att examineras under ytterligare två läsår.
Betygsskala
P, F
Examination
- PRO1 - Projektuppgift, 5,0 hp, betygsskala: P, F
Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s handläggare av stöd till studenter med funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.
Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.
Möjlighet till komplettering
Ingen information tillagd
Möjlighet till plussning
Ingen information tillagd
Examinator
Etiskt förhållningssätt
- Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
- Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
- Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.
Ytterligare information
Kursrum i Canvas
Registrerade studenter hittar information för genomförande av kursen i kursrummet i Canvas. En länk till kursrummet finns under fliken Studier i Personliga menyn vid kursstart.
Ges av
Huvudområde
Denna kurs tillhör inget huvudområde.
Utbildningsnivå
Forskarnivå
Påbyggnad
Ingen information tillagd
Kontaktperson
Berk Hess (hess@kth.se)