FSK3523 Avancerad molekyldynamik 5,0 hp

Advanced Molecular Dynamics

Visa kursinformation utifrån vald termin och kursomgång:

Kursomgång och genomförande

Ingen kursomgång är vald

Välj termin och kursomgång ovan för att få information från rätt kursplan och kursomgång.

Kursinformation

Innehåll och lärandemål

Kursinnehåll *

Kursen behandlar metoder inom avancerad molekylär dynamik (MD) för klassiska simuleringar av vätskor, polymerer och proteiner. MD-simuleringar ger atomistisk information om strukturella och dynamiska storheter, men ofta till en hög beräkningskostnad. Eftersom atomvibrationer måste tas med är tidsstegen ofta i femtosekundområdet, medan den intressanta tidsskalan för många molekyldynamiska processer ofta ligger i mikrosekund eller sekundområdet. Detta har tre huvudsakliga konsekvenser. Effektiv mjukvara och hårdvara krävs, med användning av exempelvis "stream computing" (på exempelvis GPU). Man måste alltid kontrollera att beräkningarna konvergerat. Och om konvergens inte kan nås, kan man behöva använda metoder för att förbättra provtagningen, såsom frienergiberäkningar och "coarse-graining". Dessa ämnen kommer att behandlas i föreläsningar, litteraturläsning och datorlaboratorier.

Lärandemål *

Efter avslutad kurs ska studenten kunna:

  • sätta upp simuleringar av vätskor, polymerer och proteiner
  • analysera strukturella och dynamiska egenskaper
  • bedöma kvaliteten på provtagningen och vara medveten om metoder för att förbättra provtagningen
  • ställa upp frienergiberäknnigar
  • tillämpa systematisk "coarse-graining"

Kursupplägg

Förstudie om molekylär dynamik, om så krävs.
En vecka föreläsningar och datorövningar.
Individuellt projekt, om möjligt baserat på ditt eget ämne.

Kurslitteratur och förberedelser

Särskild behörighet *

Antagen som doktorand

Rekommenderade förkunskaper

Grundkunskaper om molekyler och statistisk mekanik / termodynamik
(kursen innehåller en kort introduktion till Molekylär Dynamik och kraftfält)

Utrustning

Tillgång till en bärbar dator 

Kurslitteratur

D. Frenkel & B. Smit, Understanding Molecular Simulation

H.J.C. Berendsen, Simulating the Physical World

Selected articles

Examination och slutförande

Betygsskala *

P, F

Examination *

  • PRO1 - Projektuppgift, 5,0 hp, betygsskala: P, F

Examinator beslutar, baserat på rekommendation från KTH:s samordnare för funktionsnedsättning, om eventuell anpassad examination för studenter med dokumenterad, varaktig funktionsnedsättning.

Examinator får medge annan examinationsform vid omexamination av enstaka studenter.

Möjlighet till komplettering

Ingen information tillagd

Möjlighet till plussning

Ingen information tillagd

Examinator

Berk Hess

Ytterligare information

Kurswebb

Ytterligare information om kursen kan hittas på kurswebben via länken nedan. Information på kurswebben kommer framöver flyttas till denna sida.

Kurswebb FSK3523

Ges av

SCI/Tillämpad fysik

Huvudområde *

Ingen information tillagd

Utbildningsnivå *

Forskarnivå

Påbyggnad

Ingen information tillagd

Kontaktperson

Berk Hess (hess@kth.se)

Etiskt förhållningssätt *

  • Vid grupparbete har alla i gruppen ansvar för gruppens arbete.
  • Vid examination ska varje student ärligt redovisa hjälp som erhållits och källor som använts.
  • Vid muntlig examination ska varje student kunna redogöra för hela uppgiften och hela lösningen.

Forskarkurs

Forskarkurser på SCI/Tillämpad fysik