Postdoktorstipendiat i Datavetenskap, Bioinformatik eller beräkningsbiologi av humant-mikrobiomet interaktionz

Bioteknikskolan vid Kungliga Tekniska högskolan erbjuder en läroplan som speglar bioteknikens multidisciplinära karaktär, som integrerar teoretisk och tillämpad vetenskap på grundutbildning och examen. Skolan har sex avdelningar med cirka 300 anställda, som ligger vid Albanova universitetscentrum, Stockholm och Science for Life Laboratory, Solna. Bioteknikforskningen inom skolan är internationellt välkänd.

Arbetsplatsen

 SciLifeLab är ett nationellt resurscenter ägnat åt storskalig biovetenskaplig forskning med fokus på biomedicin, inklusive genom- och proteom profilering, Bioimaging och bioinformatik. SciLifeLab Stockholm har bildats gemensamt av de tre Stockholms universitet, KTH, Karolinska Institutet (KI) och Stockholms universitet (SU) och kombinerar därmed profilerna och styrkorna i dessa tre institutioner. Akademisk forskning samt det svenska hälsovårdssystemet och Life Science-industrin kommer att gynnas genom aktivt samarbete, tillgång till avancerade verktyg och aktiva program för kunskapsöverföring. Målet är att uppnå kritisk massa för storskaliga biovetenskap och translationell medicin. Inlägget kommer att vara i mikrobiomlaboratorium inom avdelningen för systembiologi bestående av forskningsgrupper som fokuserar på systembiologirelaterad forskning som sträcker sig från fotosyntetiska bakterier, mikrobiell forskning, humanbiologi, systemmedicin, metabolism och nätverksmodellering, proteinvetenskap, antikroppsteknik och precisionsmedicin och sträcker sig från grundläggande forskning inom human- och mikrobiell biologi till mer tillämpad forskning, inklusive kliniska tillämpningar inom cancer, infektionssjukdomar, hjärt-kärlsjukdomar, autoimmuna sjukdomar och neurobiologi.

Projektbeskrivning

Metagenomiska studier på det humant mikrobiomet har gjort det möjligt att karakterisera mikrobiet och deras funktionella mångfald i hälsa och sjukdomar. Framsteg inom metagenommontering och olika klusteringsmetoder har möjliggjort generering av samöversträffande gengrupper och metagenomarter. I gruppen arbetar vi med mikrobiella genkataloger och genererar metagenomarter, inklusive bakterier och svampar tillsammans med identifiering av antimikrobiella resistensgener för att belysa sina mekanismer i hälsa och sjukdomar, framtida mikrobiombaserade terapier och föreslå nya sätt att upphöra med den snabba spridningen av antibiotika motstånd i global hälsa.

Vi söker nu en postdoc med starka kunskaper för att arbeta med kohorter av mänskliga orala och tarmmikrobiomprover för att undersöka de longitudinella förändringarna av bakteriella och virala överflöd, resistome, andra djupa funktionella kommentarer och använda olika beräkningstekniker för att belysa deras handlingsmekanism i motståndskraften hos mikrobiomet i längdriktningen och också bidrag till sjukdomens patofysiologi. Ett av de viktigaste projekten kommer att vara på leversjukdomar och undersöka tarm- och oral dysbios och utvärdera den antimikrobiella resistensgenen profiler i saliv- och avförings metagenomisk data vid kronisk leversjukdom. Denna del av projektet kommer att vara i nära samarbete med kliniska utredare. Inläggen kommer också att bidra till utvidgningen av vårt nyligen utvecklade humana mikrobiomatlas och det nyligen meddelade en miljon mikrobiomprojekt.

Kvalifikationer

Krav,

Avlagd doktorsexamen eller utländsk examen som bedöms motsvara en doktorsexamen ,och som har avlagts högst tre år före ansökningstidens utgång.

Den sökande förväntas utföra forskning i Sy stjälkar bioinformatik, datavetenskap, beräkningsbiologi och mikrobiomet med en stark statistisk färdighet. Vi söker därför efter en mycket motiverad individ med doktorand i Mikrobiologi, beräkningsbiologi eller bioengineering (grad måste har slutförts inte mer än 3 år före ansökningstidens utgång), och en stark publikationslista.

 Den sökande bör också ha en stark bakgrund inom mikrobiologi och bioinformatik, sekvens

montering, AI, grafteori och statistik. Kandidaten ska också vara skicklig vid programmering av numeriska algoritmer på språk som R och Python och bekant med Linux-miljöer. Den sökande bör vara mycket motiverad för att göra vetenskaplig forskning med anknytning till mänskliga sjukdomar och borde ha välutvecklade analytiska och problem - förmåga. Kandidaten ska dessutom ha utmärkta skriftliga och muntliga kommunikationsförmåga.

Ansökan

Du skickar din stipendieansökan via mail till Jenny Söderborg , jennso@kth.se . Du som sökande har huvudansvaret för att din ansökan är komplett när den skickas in. Din kompletta ansökan ska vara KTH tillhanda senast 2020-12-16. Märk din ansökan med diarienummer C-2020-1744.

Ansökan skall innefatta följande handlingar:

1. Curriculum vitae
2. Personligt brev (med detaljer om både din tidigare vetenskapliga arbetslivserfarenhet, ditt intresse för denna position) och forskningsdeklaration (Max 2 sidor)
3. Kontaktinformation för tre referenser

Observera att det är ett stipendium, inte en anställning, som du ansöker om.

Om stipendiet/stipendierna

Period: 2 år

Omfattning: Heltid
Antal stipendiater som söks: 1

Omfattning: Datavetenskap, Bioinformatik, beräkningsbiologi

Stipendium ersättning: Månadslön enligt KTH:s avtal

Startdatum: Enligt överenskommelse är så snart som möjligt önskvärt

Ort: Science for Life Laboratory, Solna, Sverige

Kontakta:

För mer information vänligen kontakta Dr. Saeed Shoaie ( saeed.shoaie@scilifelab.se ) och Professor Mathias Uhlen ( mathias.uhlen@scilifelab.se )

Övrigt

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.