Till KTH:s startsida Till KTH:s startsida

Gruppwebben som samarbetsyta stängs 31 december 2026. Du som administratör behöver nu exportera gruppens innehåll och/eller radera gruppen.

Observera: Från och med den 1 oktober 2026 kommer delar av gruppwebben som inte längre används, successivt att stängas ned, exempelvis gruppwebbar som redan har flyttats eller varit inaktiva under en längre tid.

Mer information hittar du i nyheten: Gruppwebben och Social stänger hösten 2026. Stöd och instruktioner för hur du exporterar en gruppwebb finns i: Gruppwebben som samarbetsyta stängs hösten 2026.

Lecture plan

This is a tentative lecture plan, and subject to change.

  1. Intro: Biology and CS, terminology and prerequisites.
  2. Pairwise alignments
  3. Local alignment, affine gap costs
  4. The multialignment problem. (Pages 135-149.)
  5. Heuristics for local alignment (pages 33-34, Slides on Blast) and the Burrows-Wheeler transform for fast searches
  6. Protein clustering: NC score and what do we really want? Filtering of DNA reads
  7. Hidden Markov Models for analyzing sequences.
  8. More on HMMs
  9. EM and HMM training
  10. Phylogenetics. The parsimony method.
  11. Distance methods, NJ
  12. Tree reconciliation.
  13. Genome assembly
  14. More on genome assembly