Postdoktor (stipendiat) i systembiologi (Helkroppsmetabol modellering av mänsklig värd och mikrobiom)

Arbetsplatsen

SciLifeLab ( www.scilifelab.se/ ) är ett nationellt forskningscentrum med fokus på storskalig biovetenskaplig forskning inom bland annat genomik, proteomik, bioimaging och bioinformatik. SciLifeLab Stockholm är ett samarbete mellan tre Stockholmsbaserade universitet: Kungliga Tekniska högskolan (KTH), Karolinska Institutet (KI) och Stockholms universitet (SU). Genom denna samverkan utnyttjas de olika lärosätenas styrkor och expertis, vilket skapar en stark miljö för translationell medicin och avancerade biovetenskapliga studier.

Mardinoglu-labbet (https://sysmedicine.com/) vid SciLifeLab utvecklar storskaliga metabola modeller (s.k. Genome-scale metabolic models, GEMs) och andra biologiska nätverk för att studera mänskliga celler och vävnader. Modellerna används bland annat för att analysera data från patienter med komplexa sjukdomar, däribland fettlever, Alzheimers sjukdom och vissa cancerformer (t.ex. hepatocellulär cancer). Detta forskningsområde är särskilt spännande mot bakgrund av den snabba ökningen av metabola sjukdomar och nya upptäckter kring metabolismens roll i cancer.

Projektbeskrivning  

Du kommer att ansluta dig till Mardinoglu-labbet vid SciLifeLab, som specialiserar sig på utveckling av helkropps-, genomskaliga metabola modeller (GEMs) för att studera komplexa metabola interaktioner inom mänskliga vävnader och mellan den mänskliga värden och mikrobiella samhällen. Dessa modeller används för att analysera multi-omicsdata i kontexten av olika komplexa sjukdomar, såsom fetma, typ 2-diabetes, icke-alkoholrelaterad fettlever (NAFLD) och cancer. I detta projekt kommer du att fokusera på att utöka befintliga metabola modeller för människor genom att integrera mikrobiomdata, vilket möjliggör en systemnivåförståelse av metabolismen mellan värd och mikrobiom.

Framgångsrika kandidater kommer att:

• Utveckla och förfina helkropps-GEMs som integrerar både mänsklig och mikrobiell metabolism.

• Inkorporera multi-omics-datasätt (t.ex. metagenomik, metabolomik, transkriptomik, lipidomik) för att kontextualisera interaktioner mellan värd och mikrobiom.

• Tillämpa AI- och maskininlärningsmetoder (t.ex. grafneuronala nätverk, constraint-baserad modellering, nätverksinferens) för att analysera komplexa datasätt.

• Samarbeta med mikrobiologer, kliniker och beräkningsbiologer för att validera fynd och identifiera mikrobiomdrivna sjukdomsmekanismer eller terapeutiska mål.

• Bidra till att skriva vetenskapliga publikationer och presentera på internationella konferenser.

Kvalifikationer

• Avlagd doktorsexamen eller en utländsk examen som bedöms motsvara en doktorsexamen, erhållen högst tre år före sista ansökningsdatum.

• Stark beräkningsbakgrund inom systembiologi, bioinformatik, maskininlärning eller liknande område.

• Erfarenhet av matematisk modellering av biologiska system och goda kunskaper i exempelvis Python, R eller MATLAB.

• God kommunikationsförmåga i engelska, både i tal och skrift.

• Förmåga att arbeta självständigt och i samarbete med andra.

Tidigare erfarenhet av arbete med kliniska eller medicinska data är meriterande. Stor vikt kommer att läggas vid personliga egenskaper.

Ansökan

Skicka din ansökan om stipendium via e-post till hr@cbh.kth.se . Du som sökande ansvarar för att din ansökan är komplett enligt annonsen. Din fullständiga ansökan måste ha inkommit till KTH senast 2025-10-26. Ange diarienummer/referensnummer: PA-2025-3027 i ämnesraden.

Ansökan ska innehålla följande dokument:

• Curriculum vitae

• Personligt brev (innehållande beskrivning av tidigare erfarenheter inom det vetenskapliga området och motivering till varför du har intresse av detta uppdrag)

• Researcher statement (max 2 sidor)

• Kontaktuppgifter till tre referenser

Observera att det är ett stipendium, inte en anställning, som du ansöker om.

Det kan förekomma att stipendieplatsen hos KTH är placerad i säkerhetsklass. Om så är fallet för just denna stipendieplats görs en säkerhetsprövning av sökande i enlighet med säkerhetsskyddslagen (2018:585) efter samtycke. I dessa fall är en förutsättning för stipendieplatsen att sökande blir godkänd efter säkerhetsprövning.

Om stipendiet/stipendierna

Period: Upp till två år totalt

Omfattning: Heltid
Antal stipendiater som söks: En (1)

Stipendium ersättning: 27 000 SEK/månad

Ort: SciLifeLab, Stockholm

Kontakt:

Sophia Bergqvist, sopb@kth.se

Vi undanber oss direktkontakt med bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.