Till KTH:s startsida Till KTH:s startsida

Gruppwebben som samarbetsyta stängs 31 december 2026. Du som administratör behöver nu exportera gruppens innehåll och/eller radera gruppen.

Observera: Från och med den 1 oktober 2026 kommer delar av gruppwebben som inte längre används, successivt att stängas ned, exempelvis gruppwebbar som redan har flyttats eller varit inaktiva under en längre tid.

Mer information hittar du i nyheten: Gruppwebben och Social stänger hösten 2026. Stöd och instruktioner för hur du exporterar en gruppwebb finns i: Gruppwebben som samarbetsyta stängs hösten 2026.

Compute GC content

Write a program gccontent for computing GC content for a genome.

Requirements

  • Your program must read any number of files from the command line arguments, compute GC for file after file, and write them to standard out in order.
  • All sequences (chromosomes and/or contigs) from a genome should be included in the analysis.
  • You program must be structured so that:
    • one function is in charge of reading a genome sequence,
    • one function is computing the GC content of a sequence.

Example usage

A typical session running you program must look like this:

> ./gccontent genome1
0.406
> ./gccontent genome1 genome2 genome3
0.406
0.539
0.435
> ./gccontent genome1 genome2 genome3 | sort -n
0.406
0.435 
0.539

Print using any precision you like.

To present:

  1. Your well-structured and commented fcode.
  2. Test runs on the five downloaded genomes.
  3. Why do people care about GC content?