Nyhetsflöde
Logga in till din kurswebb
Du är inte inloggad på KTH så innehållet är inte anpassat efter dina val.
Har du frågor om kursen?
Om du är registrerad på en aktuell kursomgång, se kursrummet i Canvas. Du hittar rätt kursrum under "Kurser" i personliga menyn.
Är du inte registrerad, se Kurs-PM för DD2450 eller kontakta din studentexpedition, studievägledare, eller utbilningskansli.
I Nyhetsflödet hittar du uppdateringar på sidor, schema och inlägg från lärare (när de även behöver nå tidigare registrerade studenter).
Lars Arvestad redigerade 19 april 2014
We will use the book
* Biological Sequence Analysis by Durbin, Eddy, Krogh, and Mitchison
in the course, but we will also cover topics not found in that book.
Other peoples' lecture notes
* Ben Langmead on Burrows-Wheeler Transform and the FM index
* Michael Schatz on the Burrows-Wheeler transform.
Some relevant papers:¶
* "Sequence Similarity Network Reveals Common Ancestry of Multidomain Proteins" by Song et al, PLoS Comp Biol, 2007.
* "Classification of DNA sequences using Bloom filters" by Stranneheim et al, Bioinformatics, 2009.