Rekonsiliering och ortologianalys

Abstrakt:

Att jämföra olika arters arvsmassa ger möjlighet att studera evolutionära mekanismer samt att överföra kunskap om en art till kunskap om en annan, tex från modellorganismer till människan. Tiden sedan ett par arter divergerade, eller mer generellt arträdet (det kantviktade träd som beskriver evolutionen av en mängd arter), är mycket relevant vid denna typ av jämförelser. Genduplikationer är en typ av mutation vars roll i skapandet av nya funktioner inte är klarlagd men trots detta är central i definition av "samma funktion" (ortologi).

Vi ska titta på en probabilistisk modell för genduplikationer där ett genträd växer fram inuti ett arträd. En rekonsiliering är en beskrivning av en sådan framväxt. Givet ett arträd samt ett genträd så är likelihooden för en rekonsiliering sannolikheten att det är den rätta rekonsilieringen. Det visar sig att vi kan beräkna likelihooden m.h.a. dynamisk programmering. För att uppskatta posteriorifördelningen över rekonsilieringar så använder vi Markov Chain Monte Carlo tekniker.