Till innehåll på sidan

Teknik för förbättrad SARS-CoV-2-testning i olika avloppssystem

provrör i laboratorium på rostfri bänk
Publicerad 2020-12-01

I syfte att bidra till ett tidigt varnings- eller övervakningssystem för pandemisk smittspridning inom olika regioner har en grupp KTH-forskare utvärderat och optimerat en metod för att koncentrera SARS-CoV-2 RNA i kommunala avloppssystem.

Till utmaningarna i analyserna hör att det finns betydande skillnader i avloppsvatten som samlas upp i olika delar av världen, samt att viruspartiklar blir kraftigt utspädda i avloppsvatten.

Publicerad beskrivning av metoden

Metoden, som publicerats i Science of the Total Environment, är ihopkopplad med laboratorietekniken för realtids, kvalitativ polymeraskedjereaktion (qPCR), som övervakar amplifieringen av en riktad DNA-molekyl under PCR, inte i slutet, som i konventionell PCR.
Benchmarking virus concentration methods for quantification of SARS-CoV-2 in raw wastewater, Science of The Total Environment, DOI: 10.1016/j.scitotenv.2020.142939

– Avloppsvattenbaserad epidemiologi kan vara ett kostnadseffektivt alternativ till att testa stora befolkningar för coronavirus. Och metoden har potential att användas som ett tidigt varningssystem för pandemispridningen, säger Zeynep Cetecioglu-Gurol, KTH-forskare i kemiteknik.

– Till ett tillförlitligt detekteringssystem, där koncentrerat SARS-CoV-2-virus ska kunna användas för vidare bearbetning och analys, krävs en validerad metod och ett passande referensvirus, säger hon.

Forskargruppens teknik, som nyligen publicerades i den vetenskapliga tidskriften Science of the Total Environment, är en modifiering av en befintlig ultrafiltreringsmetod.

Olika metoder för att koncentrera virus i avloppsvatten har jämförts, och i utvärderingssyfte använde forskarna även två andra virus.

Dels ett coronavirus från nötkreatur – Bovine coronavirus från samma familj som SARS-CoV-2, som tillsattes för att utvärdera metodens effektivitet.
Dels det i avloppsvatten naturligt förekommande Pepper mild mottle virus (PMMoV), som är ett plantvirus människor får i sig via maten, och som visat sig vara ett tillförlitligt internt referensvirus.

Metoden utvärderades för SARS-CoV-2-detektering och kvantifiering i avloppsvatten från både Stockholm och norra Italien.

Forskningen utfördes vid KTH och SciLifeLab. Projektet finansieras av Knut and Alice Wallenberg Foundation, Vetenskapsrådet, KTH Life Science Technology, samt WaterCenter@KTH.
Region Stockholm ger nu även projektet anslag på 1 miljon kronor för 2020.

Benchmarking virus concentration methods for quantification of SARS-CoV-2 in raw wastewater, Science of The Total Environment, DOI: 10.1016/j.scitotenv.2020.142939

Text: David Callahan/Katarina Ahlfort
Foto: Zeynep Cetecioglu-Gurol

 

Innehållsansvarig:press@kth.se
Tillhör: Aktuellt
Senast ändrad: 2020-12-01