Växande kunskap om virus i avloppet

Våren 2020 började några forskare vid KTH att utveckla en metod föratt analysera mängden virus i avloppsvatten. Arbetet, som resulterade i en vetenskaplig publicering, använde forskarna sedan fram till augusti 2021 och kunde slå fast när olika smittvågor var på väg eller och klingade av i städer som Stockholm.

– Metoden var mycket finkänslig i jämförelse med liknade analysverktyg som fanns då. Efter ett tag dök det upp kommersiella testkit på marknaden, och då började vi inom nätverket Swedish Environmental Epidemiological Center, SEEC, där också SLU och Uppsala universitet ingår, att testa olika alternativ. Ett av dem var bättre på att koncentrera viruset och vi modifierade koncentrationssteget i augusti 2021, säger Zeynep Cetecioglu Gurol, universitetslektor på KTH.

Från virusvarnare till avancerat analysverktyg

Hon berättar att forskarna lärde sig mycket på vägen. Från att fungera som en virusvarnare som kunde flagga i tidigt skede för när en befolkning blev allt mer smittad av ett virus till ett mer avancerat analysverktyg som kan ge detaljerad och opartisk information om vilka olika virusvarianter som florerar.

– En av de saker vi lärde oss, kanske det mest kritiska, var om lagringsförhållandena för proverna för biobanking. Om vi inte kunde analysera proverna flera gånger skulle kvaliteten på den insamlade datan bli mycket lägre. Det räckte inte med reguljär lagring i frystemperaturer. Så vi testade olika lagringsförhållanden tills vi hittade sätt att spara våra prov längre tidsperioder med bibehållen kvalitet.

Tillskott till folkhälsan

Möjligheten att kunna lagra prov var det som öppnade för att spåra olika virusmutationer. 

– Genom den ökande provkvaliteten kan vi detektera olika varianter av viruset genom sekvensering med stöd av National Genomics Infrastructure, NGI.

Vad får utvecklingen av metoden för praktiska konsekvenser?

– Vi kan övervaka hur olika virusvarianter sprider sig och vilka som är dominerande för stunden i olika delar av landet. Detta genom veckovisa urval, vilket man kan bygga ut till dagliga prov vid behov. Det kan ge ett extra kunskapstillskott till folkhälsan och vara ett alternativt och opartiskt sätt att undersöka smittspridningen, men också fylla en viktig funktion då man drar ned på testkapacitet eller då den inte räcker till. Dessutom är det möjligt att i samma material undersöka många andra smittor. Implementering av avloppsvattenbaserad epidemiologi för att övervaka covid-19 rekommenderas numera för övrigt av EU-kommissionen. Det finns många liknande initiativ även i andra länder, så ämnet blir viktigare.

Text: Peter Ardell

För mer information, kontakta Zeynep Cetecioglu Gurol på zeynepcg@kth.se.

Läs mer

Du kan följa teknikutvecklingen för att upptäcka virus i avloppsvattnet genom dessa tre texter och artiklar. Det första steget mot en coronavarnare  tas under första delen av 2020, därefter startas ett centrum för miljöepidemiologi  för att skala upp arbetet. Senaste framsteget är alltså att se vilka virusvarianter som har störst spridning  på olika platser i Sverige.